结论：外包合同中约定退项后工资只有基本工资是否合理，需结合具体情况判断，包括合同条款的合法性、合理性以及是否违反相关法律法规等。以下从多个角度进行分析：
一、合同条款的合法性
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上可以约定合同内容，包括工资支付方式。因此，如果双方在合同中明确约定了退项后工资支付方式，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定在法律上是有效的。
最低工资保障：然而，即使合同中有这样的约定，也不能违反国家关于最低工资保障的规定。根据《中华人民共和国劳动法》和《最低工资规定》，劳动者在提供正常劳动的情况下，用人单位应支付的工资不得低于当地最低工资标准。如果退项后只支付基本工资，且该基本工资低于当地最低工资标准，那么该约定是违法的。
二、合同条款的合理性
公平原则：合同条款应当遵循公平原则，合理确定双方的权利和义务。如果退项后只支付基本工资，而劳动者在退项前可能已经为完成项目付出了大量努力和时间，那么这样的约定可能显得不够公平。
行业惯例和习惯：在某些行业或领域，可能存在关于退项后工资支付的惯例或习惯。如果合同中的约定与这些惯例或习惯相悖，且没有合理的解释或说明，那么该约定可能被视为不合理。
三、可能面临的法律后果
劳动者维权：如果劳动者认为合同中的约定不合理或违法，他们可以通过法律途径维护自己的权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
用人单位责任：如果用人单位违反法律法规或合同约定，未支付劳动者应得的工资，那么用人单位可能需要承担法律责任，包括支付拖欠的工资、赔偿金等。
四、建议
审查合同条款：在签订外包合同时，双方应仔细审查合同条款，确保约定合法、合理且符合行业惯例和习惯。
协商修改：如果合同中的约定存在不合理或违法之处，双方应及时协商修改，以避免后续的法律纠纷。
寻求法律帮助：如果双方对合同条款的理解存在分歧或无法协商解决争议，可以寻求专业律师的法律帮助，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设某外包合同中约定，如果劳动者在项目进行过程中退项，则只支付基本工资。然而，该基本工资低于当地最低工资标准。在这种情况下，该约定就是违法的，因为违反了国家关于最低工资保障的规定。劳动者有权要求用人单位按照当地最低工资标准支付工资，并可以通过法律途径维护自己的权益。
总结：外包合同中约定退项后工资只有基本工资是否合理，需结合合同条款的合法性、合理性以及是否违反相关法律法规等多方面因素进行判断。如果对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。