结论：在双方已对工程款进行结算但未对窝工损失进行结算的情况下，窝工损失主张的诉讼时效起算点通常取决于窝工损失的确定时间或当事人知道或应当知道权利被侵害的时间，具体分析如下：
窝工损失确定时间作为诉讼时效起算点
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在建设工程领域，如果窝工损失在结算时已经能够确定或应当能够确定，但双方未就该部分损失进行结算，那么诉讼时效可能从窝工损失确定或应当确定之日起算。
- 具体分析：窝工损失的确定可能依赖于多种因素，如窝工的天数、工人的工资标准、机械设备的租赁费用等。如果这些因素在结算时已经明确或可以通过合理方式确定，那么窝工损失也就随之确定。此时，如果发包人或承包人未就该部分损失进行结算或支付，另一方就有权在诉讼时效期间内提起诉讼。
当事人知道或应当知道权利被侵害的时间作为诉讼时效起算点
- 法律背景：同样根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，如果窝工损失在结算时无法确定，或者双方对窝工损失的存在或金额存在争议，那么诉讼时效可能从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 具体分析：在实际操作中，窝工损失可能由于多种原因而难以在结算时确定，如窝工原因复杂、损失计算方式不明确等。在这种情况下，如果一方认为其因窝工而遭受了损失，但另一方拒绝承认或拒绝结算，那么受损方就有权在知道或应当知道其权利被侵害之日起提起诉讼。这个“知道或应当知道”的时间点可能因具体情况而异，如通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式确定窝工损失的时间。
特殊情况下的诉讼时效起算
- 法律背景：在某些特殊情况下，如双方约定了窝工损失的结算方式或期限，或者存在其他影响诉讼时效起算的法定事由，诉讼时效的起算点可能会有所不同。
- 具体分析：如果双方在合同中明确约定了窝工损失的结算方式或期限，那么诉讼时效可能从该期限届满之日起计算。此外，如果存在其他影响诉讼时效起算的法定事由，如不可抗力、双方协商延长结算期限等，也需要根据具体情况来确定诉讼时效的起算点。
建议与后果：
- 建议：为了避免诉讼时效问题带来的风险，建议双方在结算时尽可能对窝工损失进行明确和详细的结算，并签订书面结算协议。如果无法立即确定窝工损失，可以约定一个合理的期限或方式来确定损失金额，并在协议中明确诉讼时效的起算点。
- 后果：如果一方未在诉讼时效期间内提起诉讼，可能会丧失胜诉权，即即使其主张的窝工损失是合理的，也可能因为超过诉讼时效而无法得到法院的支持。
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