工程款未结算但已交付使用的，诉讼时效的起算时间通常从工程实际交付之日起计算。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于工程款未结算的情形。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
二、诉讼时效的起算点
在工程款未结算但已交付使用的情况下，诉讼时效的起算点主要依据以下规则确定：
工程已实际交付：
- 如果建设工程已经实际交付使用，那么诉讼时效通常从工程实际交付之日起开始计算。这是因为工程交付后，发包方即负有支付工程款的义务，而承包方也有权要求发包方进行结算并支付款项。此时，承包方应当知道自己的权利可能受到损害，因此诉讼时效开始起算。
合同中有约定付款时间：
- 如果双方当事人在合同中明确约定了工程款的支付时间，那么诉讼时效从约定的支付期限届满之日起计算。例如，合同约定工程款应在工程验收合格后30日内支付，若工程于2020年1月1日验收合格，则诉讼时效从2020年2月1日起开始计算。但在此案例中，由于工程款未结算，若交付时间早于约定付款时间，且交付后双方未就付款时间达成新的约定，则仍可能以交付时间为诉讼时效起算点，具体需结合合同条款及实际情况判断。
合同未约定付款时间或约定不明：
- 如果合同中没有约定工程款的支付时间或者约定不明确，且当事人之间也没有达成补充协议的，诉讼时效期间应从债权人要求债务人履行义务的宽限期届满之日起计算。但债务人在债权人第一次向其主张权利之时明确表示不履行义务的，诉讼时效期间则从债务人明确表示不履行义务之日起计算。在建设工程已实际交付的情况下，若合同没有约定付款时间或者约定不明，诉讼时效同样可以从工程实际交付之日起算。
三、诉讼时效的中断与重新计算
在诉讼时效期间内，如果债权人向债务人提出履行请求、债务人同意履行义务、债权人提起诉讼或者申请仲裁等情形，都会导致诉讼时效中断。从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间将重新计算。因此，承包方在主张权利的过程中，应注意保留相关证据，如催款函件、电子邮件、通话记录等，以证明自己在诉讼时效期间内向发包方提出了履行请求。
四、特殊情况下的处理
对于一些长期未结算的工程款，如果债权人在一定期间内持续向债务人主张权利（如每年通过书面函件、电子邮件等方式催告），且债务人未明确提出异议的，法院可能会认定诉讼时效因债权人的持续主张而多次中断并重新起算。此外，如果双方一直在进行协商或通过其他方式尝试解决争议，诉讼时效的起算也可能会受到影响。
五、建议与注意事项
及时主张权利：
- 承包方应密切关注工程款的支付情况，一旦发现存在未结算或拖欠的情况，应及时向发包方提出履行请求，以避免超过诉讼时效期间而丧失法律保护。
保留证据：
- 在主张权利的过程中，承包方应注意保留相关证据，如催款函件、电子邮件、通话记录等，以证明自己在诉讼时效期间内向发包方提出了履行请求。
关注合同条款：
- 承包方在签订合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于工程款支付时间的约定。如果合同中没有明确约定或约定不明，应及时与发包方协商补充协议，以明确付款时间并避免潜在的纠纷。
如果您在工程款纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。