工程未结算但已投入使用的情况下，工程款的诉讼时效一般为三年，但具体起算点需根据合同约定及实际情况确定，并可能因中断、中止等情形而发生变化。以下是对此问题的详细分析：

一、诉讼时效的基本规定

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于工程款未结算的情形。即当事人因工程款未结算而提起诉讼请求保护其民事权利的，应当在知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起三年内提出。

二、诉讼时效的起算点

1. 约定付款期限的情况：

   • 如果施工合同中明确约定了工程款的支付时间，那么诉讼时效从约定的付款期限届满之日起计算。例如，合同约定工程验收合格后30日内支付工程款，若验收合格日为某年1月1日，则付款期限为1月31日，诉讼时效从次日（2月1日）开始计算。

2. 未约定付款期限或约定不明的情况：

   • 如果合同没有约定付款时间或者约定不明确，且双方未能达成补充协议，也无法按照合同有关条款或者交易习惯确定付款时间的，诉讼时效的起算点可能因地区法院裁判规则差异而有所不同。但通常倾向于以工程实际交付或结算文件提交作为权利人主张权利的起始节点。具体来说：
     • 建设工程已实际交付的，诉讼时效自交付之日起计算。
     • 建设工程没有交付的，自提交竣工结算文件之日起计算。
     • 若建设工程既未交付，工程价款也未结算，则诉讼时效自当事人起诉之日起计算。

三、诉讼时效的中断与重新计算

在诉讼时效期间内，如果出现法定事由导致诉讼时效中断，如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间将重新计算。这意味着，即使原本诉讼时效即将届满，但只要发生中断事由，时效期间就会重新开始计算。

四、超过诉讼时效的法律后果

如果权利人未在诉讼时效期间内提起诉讼或采取其他法律手段维护自己的权益，一旦超过诉讼时效期间，虽然实体权利本身并不因此消灭，但义务人可以基于诉讼时效抗辩权拒绝履行债务。此时，权利人将丧失通过司法途径强制义务人履行债务的权利。

五、实际操作建议

1. 及时主张权利：面对工程款未结算的问题，权利人应及时向债务人提出履行请求，以避免超过诉讼时效期间而丧失法律保护。
2. 保留证据：在主张权利的过程中，权利人应注意保留相关证据，如催款函件、电子邮件、通话记录等，以证明自己在诉讼时效期间内向债务人提出了履行请求。
3. 关注特殊情况：如果工程款长期未结算，且债权人持续向债务人主张权利（如每年通过书面函件、电子邮件等方式催告），且债务人未明确提出异议的，法院可能会认定诉讼时效因债权人的持续主张而多次中断并重新起算。

综上所述，工程未结算但已投入使用的情况下，工程款的诉讼时效问题涉及多个法律知识点。在实际操作中，权利人应根据具体情况灵活应对，并及时向我咨询以保护自己的权益。