关于发包人与承包人已对工程造价进行结算但未对账，剩余工程款不明时诉讼时效的起算问题，以下是我的详细解答：

核心结论：在发包人与承包人已对工程造价进行结算但未对账，剩余工程款不明的情况下，诉讼时效的起算需根据具体情况判断，一般从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，且通常受三年诉讼时效的约束。

详细分析：

1. 一般原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于工程款欠款追讨的诉讼时效。
   • 诉讼时效的起算点通常是权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日。

2. 具体情形分析：

   • 已约定付款时间：若当事人之间约定了付款时间，且该时间届满后义务人未支付工程款，则诉讼时效从该时间届满之日起计算。
   • 未约定付款时间或约定不明：
     • 若工程已交付，交付之日视为应付款时间，诉讼时效从交付日起算。
     • 若工程未交付但已提交竣工结算文件，提交日视为应付款时间，诉讼时效从提交日起算。
     • 若工程未交付且未结算，则诉讼时效可能从起诉之日起计算，但此时需考虑其他相关因素，如权利人是否已积极主张权利等。

3. 诉讼时效的中断与中止：

   • 诉讼时效存在中断、中止的法定情形。例如，施工方在时效内通过书面函件、诉讼等方式向发包方主张工程款，时效会中断并重新计算。
   • 若自权利受损之日起超二十年，法院通常不予保护，但特殊情况下可申请延长。

4. 实际建议：

   • 为避免因超过时效丧失胜诉权，施工方应及时主张自己的权利。例如，可定期向发包方发送催款函明确工程款事宜，并在必要时尽早提起诉讼以维护自身合法权益。
   • 在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和策略建议。

综上所述，发包人与承包人已对工程造价进行结算但未对账，剩余工程款不明时诉讼时效的起算需根据具体情况判断，并受三年诉讼时效的约束。施工方应密切关注诉讼时效的相关规定，及时主张权利以避免因超过时效而丧失胜诉权。