结论前置：员工以在公司受到同事安全威胁为由提起劳动仲裁，公司需从积极应对仲裁、调查核实情况、加强安全管理、依法处理涉事员工这四个方面来处理。以下是详细说明：

1. 积极应对劳动仲裁
   • 及时准备材料：公司应在收到劳动仲裁通知后，迅速组建专门的应对小组，成员可包括人力资源部门负责人、法务人员等。收集与该员工相关的所有资料，如劳动合同、考勤记录、工作表现评估、公司内部关于安全管理的规章制度等。这些材料将有助于在仲裁过程中证明公司已尽到合理的安全管理义务。
   • 参与仲裁程序：按照仲裁机构规定的时间和地点，准时参加仲裁庭审。在庭审过程中，公司代表应清晰、准确地陈述公司的立场和观点，针对员工的仲裁请求进行有针对性的答辩。例如，如果员工主张公司未提供安全的工作环境，公司可以提供相关的安全培训记录、安全设施检查报告等证据，证明公司已经采取了必要的安全措施。
2. 调查核实情况
   • 内部调查：公司应立即启动内部调查程序，与涉事员工、受到威胁的员工以及其他可能了解情况的同事进行沟通，了解事件的具体经过、发生时间、地点等细节。调查过程中要注意保护相关人员的隐私和权益，确保调查的客观性和公正性。
   • 收集证据：除了人员询问外，公司还可以收集其他相关证据，如监控录像、电子邮件、短信记录等。这些证据可以帮助公司更全面地了解事件的真相，为后续的处理提供依据。例如，如果监控录像显示员工之间只是发生了正常的争执，并没有实际的威胁行为，那么这将有助于公司反驳员工的仲裁请求。
3. 加强安全管理
   • 完善安全制度：以此次事件为契机，公司应对现有的安全管理制度进行全面审查和评估，查找可能存在的漏洞和不足之处，并及时进行完善。例如，制定更加明确的员工行为准则，明确禁止任何形式的威胁、暴力行为，并规定相应的处罚措施；建立健全的安全报告机制，鼓励员工及时报告发现的安全隐患和异常情况。
   • 开展安全培训：组织全体员工参加安全培训课程，提高员工的安全意识和自我保护能力。培训内容可以包括如何识别和应对安全威胁、如何正确处理同事之间的矛盾和冲突等。通过培训，让员工了解公司在安全管理方面的要求和措施，增强员工的安全责任感。
4. 依法处理涉事员工
   • 如果威胁行为属实：根据公司的规章制度和相关法律法规，对涉事员工进行严肃处理。处理方式可以包括警告、罚款、降职、辞退等，具体取决于威胁行为的严重程度和对公司造成的影响。在处理过程中，要确保程序合法合规，保障涉事员工的合法权益，如告知其处理结果和申诉渠道等。
   • 如果威胁行为不属实：公司应及时向受到威胁的员工说明调查结果，消除其顾虑和担忧。同时，对于恶意提起仲裁的员工，公司可以根据具体情况考虑是否追究其法律责任，如要求其承担因仲裁给公司造成的经济损失等。

后续建议：公司在处理完此次劳动仲裁事件后，应持续关注员工的安全需求和反馈，不断改进和完善安全管理工作。定期对安全管理制度进行评估和更新，加强与员工的沟通和交流，营造一个安全、和谐的工作环境。如果公司在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。