结论：员工是否需要退回以老板非法所得发放的工资，取决于员工是否知情以及参与的程度。

1. 员工确实不知情的情况

• 法律分析：如果员工在完全不知道老板非法所得的情况下领取了工资，这通常被视为善意取得。员工付出了相应的劳动，有权获得合理的劳动报酬，不应因老板的违法犯罪行为而遭受损失。
• 建议：在这种情况下，员工通常没有义务退还工资。如果公安机关要求退还，员工可以说明自己并不知情，并提供相关证据（如工资条、劳动合同、工作记录等）来证明自己的善意取得。

2. 员工知情且参与非法活动的情况

• 法律分析：若员工明知老板的资金来源非法，并且实际参与到了非法活动中（如协助伪造财务报表、虚构业务等），则员工不仅要退还全部工资，还可能承担相应的法律责任，因为此时员工的行为可能构成了共犯或帮助犯。
• 建议：在这种情况下，员工应立即停止参与非法活动，并主动向公安机关说明情况，争取从轻或减轻处理。同时，员工需要退还全部非法所得的工资。

3. 员工知情但未参与非法活动的情况

• 法律分析：员工虽然知道老板的资金来源存在问题，但没有实际参与非法活动。从法律角度看，这笔工资可能被认定为不当得利，理论上需要退还。但在实践中，会综合考虑员工的实际生活情况、是否因不知情而遭受经济损失等因素，可能并不要求员工全额退还。
• 建议：在这种情况下，员工可以与公安机关沟通，说明自己的情况，并提供相关证据来证明自己并未参与非法活动。公安机关会根据具体情况进行判断，可能并不会要求员工全额退还工资，而是根据实际情况进行适当调整。

额外建议：

• 保留证据：无论员工是否知情，都应保留好相关证据（如工资条、劳动合同、聊天记录等），以备不时之需。
• 法律途径：如果员工认为自己的权益受到了侵害，可以通过法律途径来维护自己的权益，如向劳动监察部门投诉、申请仲裁或向法院起诉等。

可能法律后果：

• 如果员工被认定为共犯或帮助犯，可能会面临刑事处罚，包括罚款、拘役或有期徒刑等。
• 如果员工被要求退还工资但拒绝退还，可能会面临民事诉讼或行政处罚等后果。

总之，员工是否需要退回以老板非法所得发放的工资，取决于员工是否知情以及参与的程度。员工应积极了解自己的法律权益和义务，并在必要时寻求法律帮助。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。