当遇到员工离职手续没办好就擅自离岗的情况时，用人单位需要采取一系列措施来妥善处理，以保障自身的合法权益并维护良好的劳动关系。以下是一些建议的处理步骤：

一、明确法律立场

首先，用人单位应明确，在《劳动合同法》实施后，“自动离职”这一概念已不再适用。员工擅自离岗，不能直接视为双方劳动关系已经解除。用人单位应将这些情形纳入离职管理范畴，并依据相关法律法规和公司规章制度进行处理。

二、尝试联系员工

1. 发送通知：用人单位应尽快通过电话、短信、邮件或书面通知等方式，尝试与擅自离岗的员工取得联系，要求其返回工作岗位或办理离职手续。
2. 催告复工：如果员工无法联系或拒绝返回，用人单位可以发送催告复工通知书，明确告知员工其擅自离岗的行为违反了公司规章制度和劳动合同约定，并要求其在规定时间内返回工作岗位或办理离职手续。

三、依据规章制度处理

1. 扣发工资：如果公司的规章制度中明确规定了员工未按规定办理离职手续或旷工的处罚措施，如扣发工资等，用人单位可以依据这些规定对员工进行相应处理。但需注意，扣发工资的金额应合理，且不得违反法律法规的最低工资标准等规定。
2. 解除劳动关系：如果员工在催告后仍未返回工作岗位或办理离职手续，且其行为严重违反了公司规章制度或劳动合同约定，用人单位可以依据相关法律法规和公司规章制度，与员工解除劳动关系。在解除劳动关系时，用人单位应出具解除劳动合同的证明，并在规定时间内为员工办理档案和社会保险关系转移手续。

四、保障自身权益

1. 追偿损失：如果员工擅自离岗给用人单位造成了经济损失，如招聘新员工的费用、生产中断的损失等，用人单位可以依据《劳动合同法》的相关规定，要求员工承担赔偿责任。但需注意，用人单位要求员工承担赔偿责任时，需保留好相关证据材料，证明员工的违法行为与企业的损失具有因果关系，且相关损失具有合理性、明确性。
2. 法律途径：如果员工拒绝承担赔偿责任或双方无法就赔偿事宜达成一致，用人单位可以通过法律途径解决争议，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

五、完善离职管理

为了避免类似情况再次发生，用人单位应完善离职管理制度，明确离职流程、离职手续办理要求以及违反规定的处罚措施等。同时，加强对员工的法律法规教育和公司规章制度培训，提高员工的法律意识和合规意识。

综上所述，当遇到员工离职手续没办好就擅自离岗的情况时，用人单位应依据相关法律法规和公司规章制度进行处理，保障自身的合法权益并维护良好的劳动关系。