将车库改成冷藏室（冷库）的合法性是一个涉及多个方面的问题，需要综合考虑法律法规、社区规定以及相邻权等因素。
首先，从法律法规的角度来看，擅自改变车库的使用用途，尤其是将其改造成可能产生噪声、安全隐患的冷库，很可能违反了相关的建筑、规划和环保法规。例如，根据《中华人民共和国噪声污染防治法》以及《民法典》中关于相邻权的规定，不动产权利人不得违反国家规定排放噪声等有害物质，影响相邻居民的正常生活。如果车库改造成冷库后产生的噪声超过了生活居住区的分贝要求，或者给小区带来了安全隐患，那么这种改造行为就可能是违法的。
其次，还需要考虑社区或小区的管理规定。很多社区或小区在独立汽车库使用权转让协议中会有明确约定，禁止擅自改变车库的使用用途。如果违反了这些约定，不仅可能面临法律纠纷，还可能受到社区或物业的管理处罚。
再者，从相邻权的角度来看，车库改造成冷库后可能会给楼上或相邻的居民带来噪声干扰、安全隐患等问题，这侵犯了他们的相邻权。相邻权是法律赋予不动产权利人的一项重要权利，任何单位和个人都不得侵犯。
具体建议：
咨询当地规划、建筑和环保部门：在改造车库之前，最好先咨询当地的相关部门，了解改造是否合法以及需要办理哪些手续。
与社区或物业沟通：与社区或物业管理部门沟通，了解社区或小区对车库使用的管理规定，确保改造行为符合规定。
考虑相邻居民的意见：在改造过程中，应充分考虑相邻居民的意见和利益，避免给他们带来不必要的干扰和损失。
采取有效措施减少噪声和安全隐患：如果改造行为确实无法避免，那么应采取有效措施来减少噪声和安全隐患，如安装隔音设备、使用安全电源等。
综上所述，将车库改成冷藏室（冷库）的合法性取决于多个因素，包括法律法规、社区规定以及相邻权等。在改造之前，最好先进行充分的咨询和沟通，确保改造行为合法合规且不会给相邻居民带来不必要的干扰和损失。