结论：劳动局（现一般称为人力资源和社会保障局，下同）在调解拖欠工资问题时，将支付标准调节为按照农民工最低工资保障来支付，这一做法是否合法，需分情况讨论。
一、合法情形
双方自愿达成调解协议：
- 如果在劳动局的调解下，用人单位与农民工双方自愿达成协议，同意按照农民工最低工资保障标准来支付拖欠的工资，那么这一做法是合法的。因为调解的本质是双方自愿协商，达成一致意见，只要不违反法律法规的强制性规定，就是有效的。
农民工最低工资保障标准不低于当地最低工资标准：
- 如果农民工最低工资保障标准本身就不低于当地政府规定的最低工资标准，那么按照这一标准支付拖欠的工资，也是合法的。因为最低工资标准是法律规定的用人单位支付劳动者工资的最低限额，只要不低于这个限额，就是合法的。
二、不合法情形
农民工最低工资保障标准低于当地最低工资标准：
- 如果农民工最低工资保障标准低于当地政府规定的最低工资标准，那么按照这一标准支付拖欠的工资，就是不合法的。因为用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准，这是法律的强制性规定，违反这一规定，用人单位将承担法律责任。
用人单位单方面决定支付标准：
- 如果用人单位未经农民工同意，单方面决定按照农民工最低工资保障标准来支付拖欠的工资，那么这一做法也是不合法的。因为用人单位支付工资的标准应当与劳动者协商确定，不能单方面决定。
三、法律建议
核实最低工资标准：
- 农民工应当首先核实当地政府规定的最低工资标准，以及农民工最低工资保障标准的具体数额，确保自己的权益不受侵害。
保留证据：
- 在与用人单位协商或接受劳动局调解时，农民工应当保留好相关证据，如工资条、劳动合同、调解协议等，以便在发生争议时维护自己的权益。
寻求法律援助：
- 如果农民工对支付标准有异议，或者认为用人单位的行为违反了法律法规，可以寻求法律援助，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
举例说明：假设某地政府规定的最低工资标准为每月2000元，而农民工最低工资保障标准为每月1800元。如果用人单位与农民工在劳动局的调解下，自愿达成协议，同意按照每月1800元的标准支付拖欠的工资，且这一标准不低于农民工实际应得的工资（考虑加班、奖金等因素后），那么这一做法是合法的。但如果用人单位未经农民工同意，单方面决定按照每月1800元的标准支付工资，或者农民工实际应得的工资高于每月2000元，那么这一做法就是不合法的。
后续行动建议：如果您遇到了类似的问题，或者对支付标准有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议。