结论：合同中约定“必须做满三个月才能全额拿到工资”这一条款，不一定合理且可能违法，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度详细分析：
一、从劳动合同法的角度分析
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定劳动报酬时，应当遵循公平、合理的原则，且不得违反法律、行政法规的强制性规定。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得无故克扣或拖欠。
若该条款是双方真实意思表示，且不违反法律强制性规定：
- 理论上，双方可以在劳动合同中约定工作期限与工资支付的条件。但这种约定必须合理，不能违背劳动法的基本原则，即劳动者提供劳动后应获得相应报酬。
- 实践中，如果用人单位能证明该条款是为了保障企业正常运营、防止员工频繁跳槽等合理目的，且该条款没有过分限制劳动者的权益，可能会被认定为有效。但这种情况较为罕见，且需要严格的证明标准。
若该条款违反法律强制性规定或显失公平：
- 根据《劳动合同法》第二十六条，下列劳动合同无效或者部分无效：…（二）用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；…。如果“必须做满三个月才能全额拿到工资”的条款被认定为排除了劳动者获得劳动报酬的权利，那么该条款将是无效的。
- 此外，如果该条款显失公平，即一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
二、从实际操作和公平性的角度分析
对劳动者的不公平性：
- 劳动者提供劳动后，应获得相应的报酬。如果因为未做满三个月就被扣减工资，这显然对劳动者不公平。特别是当劳动者因合理原因（如健康问题、家庭变故等）需要提前离职时，这种条款更显得不合理。
对用人单位的风险：
- 虽然用人单位可能希望通过这种条款来稳定员工队伍，但这种做法也可能带来法律风险。如果劳动者因此提起劳动仲裁或诉讼，用人单位可能需要支付被扣减的工资、经济补偿金甚至赔偿金。
三、建议与措施
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付的条款。如果发现不合理或违法的条款，应及时与用人单位协商修改或拒绝签订。
- 如果已经签订了含有此类条款的合同，且因此遭受了工资扣减等损失，可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼来维护自己的权益。
对于用人单位：
- 应遵守相关法律法规，制定合理、公平的劳动合同条款。避免通过克扣工资等方式来稳定员工队伍，这既不合法也不可持续。
- 可以通过其他方式（如提供良好的工作环境、职业发展机会等）来吸引和留住员工。
总结：合同中约定“必须做满三个月才能全额拿到工资”的条款，其合理性和合法性需根据具体情况判断。但无论如何，这种条款都可能对劳动者造成不公平的待遇，并给用人单位带来法律风险。因此，建议双方在签订劳动合同时，应遵循公平、合理的原则，制定合法、有效的合同条款。如果你有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。