结论前置：

1. 合同中规定“做满三个月才能辞职”一般是不合法的，因为它限制了劳动者依据《中华人民共和国劳动合同法》所享有的辞职权利。
2. 但在某些特殊情况下，如双方自愿达成关于服务期的特别约定且基于公平原则，该约定可能被视为有效，不过这种情况较为少见且需满足严格条件。

详细分析：

一、一般情况下的不合法性

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有单方面解除劳动合同的权利，这一权利的具体行使方式依据劳动者是否处于试用期而有所不同：

• 试用期内：劳动者只需提前三日通知用人单位，即可解除劳动合同。这意味着，即便员工刚入职几天且仍在试用期内，只要按照法律规定提前三天告知公司，就能够合法地辞职。
• 转正之后：劳动者需提前三十日以书面形式通知用人单位，即可在期限届满后合法解除劳动合同。用人单位不能以劳动合同中的不合理约定（如“做满三个月才能辞职”）为由拒绝劳动者的离职请求。

公司设置“做满三个月才可以辞职”的条件，实际上是对劳动者合法权益的一种限制，与《劳动合同法》赋予劳动者的解除劳动合同权利相违背。法律已经明确规定了劳动者可以提前通知解除劳动合同的时间和方式，公司内部规定不能剥夺或限制员工的这一法定权利。

二、特殊情况下的有效性

虽然上述规定是一般原则，但在某些特殊情况下，如果用人单位为劳动者提供了特殊的培训、福利等，并且双方自愿达成了关于离职时间的特别约定（如三个月的服务期），则该约定可能被视为有效。然而，这种约定必须基于双方的真实意愿和公平原则，不能单方面由用人单位强加给劳动者。此外，即使存在这样的约定，劳动者在因用人单位违法行为（如未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等）而解除劳动合同时，也不受该约定的限制。

三、劳动者的应对措施

若公司以该不合理规定为由拒绝员工的辞职申请，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

• 协商解决：首先，尝试与公司进行沟通，明确表达自己的立场和法律依据，争取通过协商解决问题。
• 投诉举报：如果公司仍然坚持这一不合法的规定，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。
• 申请劳动仲裁：在必要时，员工还可以考虑申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。

总结与建议：

合同中规定“做满三个月才能辞职”的条款在大多数情况下是不合法且不合理的。劳动者在签订劳动合同时应仔细审查合同条款，确保自己的权益不受侵害。如遇类似问题，应及时向我咨询以维护自己的合法权益。同时，用人单位也应遵守法律法规，尊重劳动者的辞职权，避免制定不合理的劳动合同条款。