结论前置：公司要求员工辞职后需等待三个月才允许离职的规定，在大多数情况下是不合法的。
详细分析：
劳动者辞职权利的法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条的规定，劳动者享有自主解除劳动合同的权利。具体来说，劳动者只需提前三十日以书面形式通知用人单位，即可解除劳动合同；若处于试用期内，则只需提前三日通知。这一规定明确赋予了劳动者辞职的自由，并设定了合理的通知期限。
公司规定与法律规定的冲突：
- 公司要求员工辞职后等待三个月才能离职的规定，显然远超过了法律所规定的三十日（或试用期内的三日）的通知期限。这样的规定很可能被视为不合理地限制了劳动者的辞职自由，与《劳动合同法》赋予劳动者的解除劳动合同权利相违背。
公司规定的合法性评估：
- 从法律角度来看，公司内部规定不能剥夺或限制员工的法定权利。因此，公司要求员工辞职后需等待三个月才能离职的规定，在大多数情况下是不合法的。
劳动者的应对策略：
- 协商解决：首先，劳动者可以尝试与公司进行协商，指出公司规定与法律的不符之处，并要求公司按照法律规定安排离职事宜。
- 法律途径维权：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以寻求专业的法律援助，比如直接向我咨询，以确保自己的权益得到充分保障。
特殊情况说明：
- 当然，也存在一些特殊情况，比如某些特定行业或岗位可能因工作性质、业务连续性等特殊原因，需要员工在离职前完成一定的工作交接或培训等任务。但即便如此，公司也不能单方面设定过长的离职等待期，而应与员工进行充分协商，并达成一致意见。同时，这种特殊情况下的离职等待期也应受到法律的合理限制，不能无限期延长。
总结与建议：
- 综上所述，公司要求员工辞职后需等待三个月才能离职的规定，在大多数情况下是不合法的。劳动者在面对此类情况时，应了解自己的法律权利，并通过合法途径来维护自己的权益。同时，也建议公司在制定内部规定时，务必遵守相关法律法规，确保规定的合法性和合理性。如果劳动者在离职过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律意见和帮助。