法院一般会根据具体情况，要求原告说明不认定的理由，若理由不成立，可能会采纳被告提交的鉴定样本进行鉴定，或者根据其他证据综合判断。 具体分析如下：

1. 要求原告说明理由：

   • 法院在审理案件过程中，若被告提交了鉴定样本，而原告没有正当理由不认定该样本，法院首先会要求原告明确说明不认定的具体理由。这是为了确保诉讼的公正性和透明度，让双方都有充分表达意见的机会。

2. 审查理由的合理性：

   • 法院会对原告提出的理由进行审查，判断其是否合理、合法。如果原告的理由缺乏事实依据或法律依据，或者与案件事实明显不符，法院将不予采纳。

3. 决定是否采纳样本：

   • 如果原告的理由不成立，法院可能会采纳被告提交的鉴定样本，并委托相关机构进行鉴定。鉴定结果将作为案件审理的重要依据之一。
   • 如果法院认为原告的理由部分成立，或者鉴定样本存在争议，法院可能会要求双方进一步提供证据，或者根据其他证据综合判断案件事实。

4. 考虑其他证据和因素：

   • 在处理此类问题时，法院还会考虑其他相关证据和因素，如双方当事人的陈述、证人证言、物证等。法院会综合分析所有证据，以形成对案件事实的全面认识。

5. 保障诉讼程序的公正性：

   • 无论法院最终如何处理，都会确保诉讼程序的公正性和合法性。法院会依法保障双方当事人的诉讼权利，确保案件得到公正、公平的审理。