结论：您当兵16年后于2003年回地方被安置在个人工厂且没有编制的情况，是否合理需要结合当时的安置政策、安置协议以及相关法律法规来综合判断。以下从几个方面为您详细分析：
一、安置政策的考量
政策依据：
- 退役士兵的安置通常遵循国家及地方的相关政策法规。在您退役的2003年，应参考当时的《中国人民解放军士官退出现役安置暂行办法》以及地方性的退役士兵安置政策。
- 这些政策通常会规定退役士兵的安置方式、安置单位以及安置后的待遇等。
政策内容：
- 根据政策，退役士兵有可能被安置到国有企业、集体企业或事业单位等，也有可能采取自谋职业、自主创业等安置方式。
- 如果政策中明确规定了可以安置到个人工厂，并且您在退役时也签署了相应的安置协议，那么这种安置方式在政策层面可能是合理的。
二、安置协议的审查
协议内容：
- 您应仔细审查退役时签署的安置协议，看其中是否明确规定了安置单位、安置岗位以及编制情况等。
- 如果协议中明确提到了被安置到个人工厂且没有编制，那么这种安置方式在协议层面是合理的，但您可能需要考虑协议是否公平、合理，以及是否符合您的个人意愿和职业发展需求。
协议效力：
- 安置协议是您与安置单位之间的法律文件，具有法律效力。如果协议内容合法、有效，且双方均已签署，那么双方应按照协议内容履行各自的义务。
三、法律法规的适用
编制问题：
- 编制通常指的是单位的人员编制，包括行政编制、事业编制等。个人工厂一般不属于国家机关或事业单位，因此可能不存在编制问题。
- 如果您期望获得编制，那么被安置到个人工厂可能无法满足您的需求。但这也取决于您退役时的具体政策和安置协议。
权益保障：
- 无论您被安置到何种单位，都应享有相应的劳动权益保障，如工资、福利、社会保险等。
- 如果您在个人工厂工作期间遇到权益受损的情况，可以依法维护自己的合法权益。
四、建议与行动
了解政策：
- 建议您进一步了解2003年当时的退役士兵安置政策，以及您所在地区的相关政策规定。
审查协议：
- 仔细审查退役时签署的安置协议，看其中是否有不利于您的条款或遗漏的重要信息。
咨询与维权：
- 如果您对安置方式或协议内容有疑问或不满，可以咨询当地的退役军人事务部门或相关法律机构，了解自己的权益和可能的维权途径。
- 如果您在个人工厂工作期间遇到权益受损的情况，也可以依法向相关部门投诉或寻求法律援助。
最后，您的情况是否合理需要综合考虑多个因素，包括当时的安置政策、安置协议以及相关法律法规等。如果您对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。