结论前置：公司因自身原因停工，仅发放基本工资是否合规，需根据具体情况判断。若员工工资结构仅包含基本工资，则合规；若工资结构包含其他福利如奖金、津贴等，则仅发放基本工资通常不合规。
详细分析如下：
工资结构单一（仅基本工资）的情况：
- 如果员工的工资结构非常简单，仅由基本工资构成，没有其他形式的奖金、津贴或补贴等，那么在公司因自身原因停工时，仅发放基本工资是符合法律规定的。因为此时的基本工资即代表了员工的全部工资收入。
工资结构复杂（包含多种福利）的情况：
- 在大多数情况下，员工的工资结构并非如此单一，而是包含了基本工资以及各种形式的奖金、津贴、补贴等。根据《工资支付暂行规定》以及相关劳动法律法规的精神，员工在停工期间应享受与正常工作期间相同的工资待遇，这包括基本工资以及所有其他形式的福利。
- 因此，如果公司仅发放基本工资而忽略了其他福利部分，这通常被视为违法行为。员工有权要求公司按照正常工作期间的工资标准支付停工期间的全部工资。
法律建议：
- 与公司协商：如果公司因自身原因停工并仅发放基本工资，员工首先可以尝试与公司进行协商，要求公司按照正常工资标准支付停工期间的工资。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求政府部门的帮助和调解。
- 申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，员工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果公司被认定为违法行为，可能需要补发员工停工期间的工资差额，并可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款等。
- 在极端情况下，如果公司长期拖欠工资或拒不支付工资，员工还有权解除劳动合同并要求公司支付经济补偿金。
举例说明：
假设某员工的月工资由基本工资3000元、绩效奖金1000元和交通补贴500元组成，总计4500元。如果公司因自身原因停工一个月，并仅发放基本工资3000元，而忽略了绩效奖金和交通补贴，那么这种做法就是不合规的。员工有权要求公司补发剩余的1500元工资。
综上所述，公司因自身原因停工时仅发放基本工资是否合规，取决于员工的工资结构。如果工资结构复杂且包含多种福利，则仅发放基本工资通常不合规。员工在遇到此类情况时，应积极与公司协商并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。