结论：公司基于生产线停掉而给员工发放基本工资是否合法，需结合具体情况及法律法规来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规层面
基本工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。劳动报酬通常包括基本工资、奖金、津贴等。
- 在生产线停掉的情况下，如果员工仍然处于待岗状态，且未解除劳动合同，用人单位通常需要支付基本工资作为生活保障，但具体数额可能需根据劳动合同、公司规章制度或地方性法规来确定。
待岗期间的工资支付：
- 如果生产线停掉是由于非劳动者原因造成的，且劳动者处于待岗状态，用人单位可以与劳动者协商待岗期间的工资支付标准。但协商的工资标准不得低于当地最低工资标准。
- 若双方未协商一致，用人单位应按照劳动合同约定的工资标准支付工资，或者按照不低于当地最低工资标准的数额支付生活费。
二、公司规章制度与劳动合同层面
公司规章制度：
- 如果公司规章制度中明确规定了生产线停掉时员工的工资支付标准，且该规定不违反法律法规，那么公司应按照规章制度执行。
- 但公司规章制度需经过民主程序制定，并公示或告知劳动者，否则可能对劳动者不产生约束力。
劳动合同约定：
- 劳动合同是用人单位与劳动者之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了生产线停掉时员工的工资支付标准，那么公司应按照劳动合同约定执行。
三、实际操作建议
与公司协商：
- 如果员工对公司的工资支付标准有异议，可以与公司进行协商，寻求合理的解决方案。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
四、可能面临的法律后果
如果公司违法支付工资：
- 如果公司未按照法律法规、公司规章制度或劳动合同约定支付工资，员工有权要求公司补发工资，并可能要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
如果员工主张权益不当：
- 如果员工在主张权益过程中存在不当行为，如扰乱公司秩序、诽谤公司等，可能面临法律责任。
举例说明：假设某公司因生产线升级改造而停掉生产线，员工处于待岗状态。公司规章制度中规定，待岗期间员工工资为基本工资的80%，且不低于当地最低工资标准。在此情况下，公司按照规章制度支付员工工资是合法的。但如果公司规章制度中未规定待岗期间工资支付标准，或者规定的标准低于当地最低工资标准，那么公司可能面临违法支付工资的法律风险。
总结与建议：公司基于生产线停掉而给员工发放基本工资是否合法，需结合具体情况及法律法规来判断。如果员工对此有异议，建议先与公司协商解决；协商无果的，可以寻求法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。