结论：员工上班途中被车撞骨折，对方主责的情况下，员工既可以申请工伤认定并享受工伤保险待遇，也可以向肇事方主张民事侵权赔偿，二者可以并行主张，但部分项目可能存在重复，不能重复获赔。以下是详细分析：

一、工伤认定及赔偿

1. 认定条件：根据《工伤保险条例》第十四条第六项规定，在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。在此案例中，员工上班中被车撞骨折，且对方主责，符合工伤认定条件。
2. 申请流程：
   • 单位申请：员工所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
   • 个人申请：如果用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤员工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
3. 赔偿项目：
   • 医疗费用：包括治疗工伤所需的挂号费、住院费、医疗费、药费、就医路费等，符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的，从工伤保险基金支付。
   • 停工留薪期工资：员工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
   • 护理费：生活不能自理的工伤员工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责。如果单位未派人护理，员工可以自行安排护理，费用由单位承担。
   • 一次性伤残补助金：经劳动能力鉴定委员会鉴定构成伤残等级的，根据伤残等级享受一次性伤残补助金。例如，十级伤残为7个月的本人工资，九级伤残为9个月的本人工资，以此类推。
   • 一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金：如果员工与用人单位解除或者终止劳动关系，还可以享受一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金，具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定。

二、民事侵权赔偿

1. 赔偿主体：由于对方在交通事故中负主要责任，员工可以向肇事方及其保险公司主张民事侵权赔偿。
2. 赔偿项目：
   • 医疗费用：与工伤保险中的医疗费用类似，包括治疗所需的各项费用。
   • 误工费：根据员工的误工时间和收入状况确定。误工时间根据医疗机构出具的证明确定，收入状况按照员工实际减少的收入计算。
   • 护理费：根据护理人员的收入状况和护理人数、护理期限确定。如果护理人员有收入的，参照误工费的规定计算；护理人员没有收入或者雇佣护工的，参照当地护工从事同等级别护理的劳务报酬标准计算。
   • 交通费：根据员工及其必要的陪护人员因就医或者转院治疗实际发生的费用计算，应当以正式票据为凭，有关凭据应当与就医地点、时间、人数、次数相符合。
   • 住院伙食补助费：可以参照当地国家机关一般工作人员的出差伙食补助标准予以确定。
   • 营养费：根据员工伤残情况参照医疗机构的意见确定。
   • 残疾赔偿金：如果员工因交通事故导致残疾，根据伤残等级，按照受诉法院所在地上一年度城镇居民人均可支配收入或者农村居民人均纯收入标准，自定残之日起按二十年计算。但六十周岁以上的，年龄每增加一岁减少一年；七十五周岁以上的，按五年计算。
   • 精神损害抚慰金：根据员工的伤残程度、侵权人的过错程度等因素确定。

三、工伤赔偿与民事侵权赔偿的关系

1. 并行主张：员工可以同时主张工伤保险待遇和民事侵权赔偿，因为这是两种不同的法律关系。工伤保险是基于社会保险制度，旨在保障员工在工作中遭受事故伤害或患职业病时能够获得及时的医疗救治和经济补偿；而民事侵权赔偿是基于侵权责任法，旨在弥补员工因他人的侵权行为所遭受的损失。
2. 重复项目处理：对于一些重复的项目，如医疗费用、护理费、交通费等，员工不能重复获赔。在实际操作中，如果员工先获得了工伤保险赔偿，对于重复的部分，在向肇事方主张民事侵权赔偿时，肇事方可以要求扣除已经由工伤保险支付的部分；反之亦然。

建议：员工在发生事故后，应及时收集和保留相关证据，如交通事故责任认定书、医疗诊断证明、费用清单等，以便在申请工伤认定和主张民事侵权赔偿时使用。同时，建议员工与用人单位和肇事方进行沟通协商，争取妥善解决赔偿问题。如果协商不成，可以通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问，欢迎随时向我咨询。