结论：员工病假期间，公司要求全面交接工作（包括档案资料）是否合法，需根据具体情况判断，若交接工作不违反法律规定且不损害员工权益，一般合法；若交接要求不合理或侵犯员工权益，则可能不合法。以下从不同角度详细分析：
一、交接工作的合法性基础
劳动合同与规章制度：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，员工有义务遵守公司的合理规章制度。若公司规章制度中明确规定了病假期间需交接工作的流程和要求，且该制度经过民主程序制定并公示，员工应当遵守。
- 但需注意，规章制度的内容必须合法合理，不得侵犯员工的合法权益。例如，要求员工在病假期间立即交接所有工作，可能因忽视员工健康状况而被视为不合理。
工作交接的必要性：
- 从公司运营角度出发，员工病假期间，为确保工作的连续性和稳定性，公司有权要求员工进行必要的工作交接。
- 然而，这种交接应当是基于合理和必要的原则，不能过度加重员工的负担，尤其是在员工病假期间，其健康状况可能不允许其承担过多的工作压力。
二、交接档案资料的合法性考量
档案资料的性质：
- 档案资料通常包含公司的敏感信息和商业秘密，员工在离职或病假期间有义务妥善保管并不得泄露。
- 但，要求员工在病假期间全面交接档案资料，需确保交接过程的安全性和保密性，避免信息泄露给公司带来损失。
交接方式与程序：
- 公司应制定明确的交接程序和方式，确保档案资料在交接过程中的安全。例如，可以采用电子化交接方式，并设置相应的访问权限和保密措施。
- 同时，公司应尊重员工的健康状况，合理安排交接时间和方式，避免对员工造成不必要的压力。
三、可能存在的法律风险与应对建议
法律风险：
- 若公司要求员工在病假期间全面交接工作（包括档案资料），且交接要求不合理或侵犯员工权益（如要求员工在病假期间立即到公司现场交接、泄露员工个人信息等），员工有权拒绝并可能向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 此外，若因交接不当导致公司损失，公司可能要求员工承担赔偿责任，但需证明损失与员工交接行为之间的因果关系。
应对建议：
- 公司角度：应制定合理的工作交接制度，明确交接流程、方式和时间要求；尊重员工的健康状况，合理安排交接工作；加强交接过程的安全性和保密性管理。
- 员工角度：在病假期间，若公司提出合理的工作交接要求，应积极配合；若交接要求不合理或侵犯自身权益，有权拒绝并寻求法律帮助；在交接过程中，注意保护自己的个人信息和隐私。
总结与启示：员工病假期间，公司要求全面交接工作（包括档案资料）的合法性需根据具体情况判断。公司应制定合理的交接制度，尊重员工的健康状况和权益；员工在配合交接的同时，也有权保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。