事业单位合同中约定“做六休一”是否合法，需分情况讨论：

1. 若每日工作时间及每周总工作时间符合法定标准：

   • 根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若事业单位与劳动者约定的“做六休一”制度下，每日工作时间未超过8小时，且每周总工作时间未超过44小时，同时保证了劳动者每周至少休息1日，那么这种约定是合法的。
   • 举例：若合同约定每周工作6天，每天工作7小时，总工作时间为42小时，且每周安排了至少1天的休息，这样的约定是合法的。

2. 若每日工作时间或每周总工作时间超出法定标准：

   • 如果“做六休一”的制度导致劳动者每日工作时间超过8小时，或者每周总工作时间超过44小时，且未依法支付加班费或安排补休，那么这种约定是违法的。
   • 加班费计算：根据《劳动法》第四十四条，工作日延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。若事业单位未按照这些规定支付加班费，则构成违法。
   • 举例：若合同约定每周工作6天，每天工作9小时，总工作时间为54小时，且未支付加班费或安排补休，这样的约定就是违法的。

3. 特殊工时制度的适用：

   • 某些特殊行业或岗位，如医疗、交通等，可能因工作性质需要实行不定时工作制或综合计算工时工作制。在这些情况下，事业单位需依法向劳动行政部门申请批准，并按照批准的工时制度执行。若未经批准而擅自实行特殊工时制度，则可能构成违法。
   • 说明：即使实行特殊工时制度，也需保证劳动者的休息权，不得违反《劳动法》关于工作时间和休息休假的规定。

法律建议：

• 事业单位在制定劳动合同时，应严格遵守《劳动法》及相关规定，确保合同内容合法合规。
• 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工作时间和休息休假的约定，确保自己的合法权益不受侵害。
• 若事业单位或劳动者对合同条款的合法性存在疑问，可咨询专业律师或劳动行政部门进行确认。

可能后果：

• 若事业单位违反《劳动法》关于工作时间和休息休假的规定，劳动者有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求事业单位承担相应的法律责任。
• 劳动行政部门在查实后，可责令事业单位改正违法行为，并可能对其处以罚款等行政处罚。

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