如果商务合同中已经约定了仲裁机构，那么在发生合同纠纷时，双方通常应当通过该约定的仲裁机构进行仲裁解决，而不是直接向法院提起诉讼。以下是对这一问题的详细分析：
仲裁协议的效力
法律约束力：根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁协议具有法律约束力。一旦双方在合同中明确约定了仲裁条款，包括仲裁机构的选择，那么该条款对双方均具有法律约束力。这意味着，在发生合同纠纷时，双方应当遵循仲裁协议，通过仲裁方式解决争议。
排除诉讼管辖：仲裁协议的存在通常排除了法院对争议的管辖权。也就是说，如果双方已经约定了仲裁，那么一方就不能再向法院提起诉讼，要求法院对争议进行审理。法院在受理案件时，也会审查是否存在有效的仲裁协议，如果存在，法院通常会驳回起诉，告知当事人通过仲裁解决争议。
仲裁机构的选择与程序
仲裁机构的选择：商务合同中约定的仲裁机构应当是明确且具体的。如果约定的仲裁机构名称不准确或存在歧义，可能会导致仲裁协议无效或无法执行。因此，在签订合同时，双方应当仔细审查仲裁条款，确保约定的仲裁机构名称准确无误。
仲裁程序：一旦双方同意通过仲裁解决争议，就需要遵循所选仲裁机构的仲裁规则进行仲裁程序。这通常包括提交仲裁申请、组成仲裁庭、进行开庭审理、作出仲裁裁决等步骤。仲裁裁决具有终局性，对双方均具有法律约束力。
特殊情况与应对
仲裁协议无效或无法执行：如果仲裁协议存在无效情形（如仲裁机构约定不明确、仲裁事项超出法律规定的范围等），或者由于某种原因无法执行（如仲裁机构不存在或无法履行职责等），那么双方可能需要通过其他方式解决争议，包括向法院提起诉讼。但这种情况相对较少见，且需要具体分析仲裁协议的具体内容和实际情况。
一方不履行仲裁裁决：如果一方在仲裁裁决作出后不履行裁决义务，另一方可以向法院申请强制执行。法院在审查后认为符合执行条件的，会依法对裁决进行强制执行。
建议与注意事项
仔细审查合同条款：在签订商务合同时，双方应当仔细审查合同条款，特别是仲裁条款的内容。确保约定的仲裁机构名称准确无误，仲裁事项明确具体，以避免后续争议。
了解仲裁程序与规则：在约定仲裁解决争议时，双方应当了解所选仲裁机构的仲裁程序与规则。这有助于双方在仲裁过程中更好地维护自己的权益，确保仲裁程序的顺利进行。
及时咨询专业律师：如果在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题或争议，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助双方更好地解决争议。
总之，商务合同中约定了仲裁机构后，双方应当遵循仲裁协议通过仲裁方式解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。