申请仲裁时是可以约定仲裁机构的，但具体情形需根据争议类型和法律规定来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、一般仲裁情形下的仲裁机构约定
在一般的民事、商事仲裁中，根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人在订立仲裁协议时，对于仲裁委员会的选择没有地域限制。这意味着，只要双方协商一致，就可以选择任何合法设立的仲裁委员会来仲裁纠纷，包括外地的仲裁委员会。这一点在《中华人民共和国仲裁法》第六条中得到了明确体现，即“仲裁委员会应当由当事人协议选定，仲裁不实行级别管辖和地域管辖”。
示例：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，并在合同中约定：“因本合同引起的或与本合同有关的任何争议，双方应首先通过友好协商解决；协商不成时，均提请XX仲裁委员会（位于外地）按照其仲裁规则进行仲裁。仲裁裁决是终局的，对双方均有约束力。”这样的约定是合法有效的。
二、劳动争议仲裁中的特殊规定
然而，在劳动争议的仲裁中，情况有所特殊。依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十一条的规定，劳动争议应由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。因此，在劳动争议的情境下，当事人不能随意选择外地的仲裁委员会，而应依据法律规定选择具有管辖权的仲裁机构。
示例：如果劳动者与用人单位之间发生劳动争议，且劳动合同履行地和用人单位所在地均在A市，那么双方应选择A市的劳动争议仲裁委员会进行仲裁，而不能选择B市的仲裁委员会。
三、约定仲裁机构时的注意事项
无论是一般仲裁还是劳动争议仲裁，在约定仲裁机构时，双方都应注意以下几点以确保仲裁协议的有效性和可执行性：
仲裁机构的合法性：所约定的仲裁委员会必须是依法设立且具备相应仲裁资质的机构。如果选择的仲裁委员会不具备合法资质，那么仲裁协议可能因此无效。
仲裁协议的明确性：双方在仲裁协议中应清晰明确地约定仲裁机构的名称、所在地以及仲裁事项等相关内容。这有助于避免后续因仲裁协议约定不明而引发的争议或导致协议无效的情况。
仲裁程序的便利性：虽然一般仲裁不实行地域管辖，但选择外地仲裁委员会时，双方仍应充分考虑仲裁程序的便利性、费用以及可能的旅行成本等因素。这些因素都可能影响争议解决的效率和成本。
四、法律后果与建议
仲裁裁决具有法律效力，一旦双方达成有效的仲裁协议并进行了仲裁程序，仲裁裁决即具有终局性，对双方均有约束力。如果一方不履行仲裁裁决，另一方可以向法院申请强制执行。因此，在约定仲裁机构时，双方应谨慎考虑并充分协商，以确保仲裁协议的合法性和有效性。
建议：在签订合同时或发生争议前，双方应充分了解并协商仲裁条款的内容，包括仲裁机构的选择、仲裁事项的范围等。如有必要，可以寻求专业律师的帮助以确保仲裁条款的合法性和有效性。
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