结论：在试用合同明确约定3个月，但实际起止时间为3个月零1天的情况下，原则上应按照合同约定的3个月执行，但具体还需结合合同条款、双方实际履行情况以及法律规定来综合判断。
分析说明：
合同约定优先原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。在合同内容明确且不违反法律、行政法规强制性规定的情况下，应优先遵循合同约定。
- 在本案例中，试用合同明确约定了试用期为3个月，这是双方协商一致的结果，应作为判断试用期长短的首要依据。
实际履行情况的影响：
- 尽管合同约定了试用期为3个月，但实际起止时间为3个月零1天。这种情况下，需要考察双方在实际履行过程中是否对试用期进行了变更或调整。
- 如果双方在实际履行中均未对试用期提出异议，且按照3个月零1天的期限实际履行了相关义务（如支付工资、提供工作条件等），那么可能视为双方对试用期进行了事实上的变更。但这种变更需要双方明确的意思表示或行为来证实，不能仅凭实际履行时间的长短来推断。
法律规定的考量：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，试用期的长度应根据劳动合同期限来确定，且有一定的上限限制。但本案例中并未涉及劳动合同期限与试用期长度的具体比例问题，因此主要关注合同约定与实际履行情况。
- 如果实际履行的试用期超过了合同约定的期限，且没有合法依据（如双方协商一致、法律规定的特殊情况等），那么用人单位可能面临违法约定试用期的法律风险，如支付赔偿金等。
法律建议：
- 审查合同条款：首先，应仔细审查试用合同的条款，特别是关于试用期的约定，确保合同内容明确、合法。
- 沟通协商：如果双方对试用期的长度存在争议，建议通过沟通协商的方式解决。可以回顾实际履行情况，看是否存在对试用期的变更或调整，并尝试达成一致意见。
- 寻求法律救济：如果无法通过沟通协商解决争议，且认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律救济。可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。
后续行动指南：
- 在处理此类争议时，建议保留好相关证据，如试用合同、工资支付记录、工作记录等，以便在需要时提供证明。
- 如果对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到保障，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。