在非因工伤医疗期满后进行劳动能力鉴定，根据不同的鉴定结果，公司会采取不同的处理方式，具体如下：
劳动能力部分丧失：
- 处理方式：若劳动能力鉴定结果显示员工部分丧失劳动能力，公司通常会根据员工的实际劳动能力情况，调整其工作岗位或工作内容，以适应其当前的身体状况。同时，公司可能会与员工协商降低其薪资水平，但降低的幅度需合理，且应确保员工的薪资不低于当地的最低工资标准。此外，公司还应继续为员工缴纳社会保险，包括工伤保险（尽管非工伤，但部分地区的社保政策可能要求持续缴纳以维持员工的其他社保权益）。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括工作岗位和薪资等。同时，用人单位应保障劳动者享有社会保险和福利的权利。
劳动能力完全丧失：
- 处理方式：若劳动能力鉴定结果显示员工完全丧失劳动能力，且无法从事原工作或公司安排的其他工作，公司可能会与员工协商解除劳动合同。在解除劳动合同时，公司应按照相关法律法规的规定，向员工支付经济补偿金。经济补偿金的计算通常基于员工在公司的工作年限和月工资水平。
- 特殊情况：如果员工完全丧失劳动能力是由于公司的工作环境或工作条件导致的（尽管用户问题中明确为非工伤，但此处为全面分析而提及），则公司可能需要承担更重的法律责任，包括支付更高的赔偿金和提供必要的医疗和生活保障。然而，在非工伤的情况下，这一责任通常不适用。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条和第四十六条的规定，劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同，并应支付经济补偿。在完全丧失劳动能力的情况下，可视为员工无法胜任任何工作。
劳动能力未受影响或影响轻微：
- 处理方式：若劳动能力鉴定结果显示员工的劳动能力未受影响或影响轻微，公司应恢复员工原工作岗位和薪资水平，并继续履行劳动合同。公司不得因员工曾进行劳动能力鉴定而对其产生歧视或不利对待。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有平等就业和选择职业的权利，以及取得劳动报酬的权利。公司应保障员工的这些权利不受侵犯。
建议与注意事项：
- 沟通协商：在处理劳动能力鉴定结果时，公司应与员工进行充分的沟通协商，确保处理方式的合理性和合法性。
- 遵守法律法规：公司在处理劳动能力鉴定结果时，应严格遵守相关法律法规的规定，避免侵犯员工的合法权益。
- 保留证据：公司应妥善保留与员工沟通协商的记录、劳动能力鉴定结果等证据材料，以备不时之需。
若您在非因工伤医疗期满后进行劳动能力鉴定，并遇到了公司处理不当的情况，或有任何疑问，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。