针对您提出的问题，即面试结束后员工入职体检时告知单位怀孕不能体检部分项目，单位不录用是否合法，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们要明确的是，劳动者的平等就业权是受法律保护的。根据《就业促进法》的规定，用人单位在招用人员时，除国家规定的不适合妇女的工种或者岗位外，不得以性别为由拒绝录用妇女或者提高对妇女的录用标准。这意味着，仅仅因为女性怀孕，用人单位就不能拒绝录用她，否则就构成了就业歧视。

其次，妇女权益保障法也明确规定，用人单位在招录（聘）过程中，除国家另有规定外，不得将妊娠测试作为入职体检项目。怀孕既是个人隐私，也是女性公民的基本权利。因此，入职前女性劳动者对用人单位没有告知怀孕情况的义务，强制孕检更是侵犯了她们的平等就业权。如果用人单位要求进行孕检，劳动者有权予以拒绝。

再来看您提到的具体情况，员工在入职体检时告知单位怀孕不能体检部分项目，这并不影响她的平等就业权。如果单位因此拒绝录用她，那么这种行为很可能构成就业歧视，是违法的。特别是当单位在得知应聘人员怀孕后，又恶意取消招聘岗位，这种行为更是明显侵害了劳动者的平等就业权。

最后，从法律责任的角度来看，如果用人单位因为应聘者怀孕而拒绝录用，并因此给应聘者造成了损失（如工资收入损失等），那么用人单位应当承担缔约过失责任，并进行相应的赔偿。

综上所述，如果单位因为员工怀孕不能体检部分项目而拒绝录用她，这种行为是不合法的。员工有权维护自己的平等就业权，并可以通过法律途径来寻求帮助和赔偿。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时告诉我。