已经发出实质性录取同意书，却因为体检不合格拒绝人员入职，是否违法需根据具体情况判断。以下是详细分析：

一. 体检不合格与录取同意书的关系

1. 未明确约定体检要求：若在发出录取同意书时，用人单位未明确将体检合格作为入职的先决条件，或劳动合同中未对此进行明确约定，那么仅因体检不合格而拒绝人员入职，可能构成对录用承诺的违反，从而涉嫌违法。因为在此情况下，求职者有合理期待基于录取同意书获得工作，而体检不合格并非双方事先约定的拒绝录用的合法理由。

2. 明确约定体检要求：若用人单位在录取同意书、招聘公告、劳动合同或其他相关文件中明确将体检合格作为录用的前提条件，并合理告知求职者，那么当求职者体检不合格时，用人单位有权基于这一事先约定的合法理由拒绝其入职，此时不构成违法。

二. 法律后果与建议

1. 法律后果：若用人单位无合法理由拒绝已发出录取同意书的求职者入职，可能面临法律责任，包括但不限于赔偿求职者因此遭受的经济损失、承担违约责任等。

2. 处理建议：

   • 用人单位在招聘过程中应明确体检要求及不合格的处理方式，并在相关文件中予以明确约定，以确保后续操作的合法性和合规性。
   • 求职者在接受录取同意书前，应仔细阅读并理解相关条款，特别是关于体检要求及不合格处理的部分，以确保自身权益不受损害。
   • 双方应就体检结果进行及时沟通，对于体检不合格的求职者，用人单位应合理安排后续处理方案，如提供复查机会、协商解除录用关系等，以确保双方权益得到妥善处理。

综上所述，已经发出实质性录取同意书却因体检不合格拒绝人员入职是否违法，关键在于双方是否事先就体检要求及不合格处理进行了明确约定。我建议用人单位和求职者在招聘和求职过程中都应注重相关条款的明确和沟通，以避免不必要的法律纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。