结论：公司要求签3年合同，没做满要扣1万元的做法，一般是不合理的，且可能违法。下面我从几个角度详细分析这个问题。
法律角度分析
违约金设定：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定由劳动者承担违约金的情形，仅限于两种：一是用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训，并约定服务期，劳动者违反服务期约定的；二是用人单位与劳动者约定竞业限制条款，劳动者违反竞业限制约定的。
- 在您描述的情况下，公司并未提及提供专项培训或约定竞业限制，因此要求扣1万元作为违约金，缺乏法律依据。
工资扣除限制：
- 即使劳动者存在过错，用人单位扣除工资也受到严格限制。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 在您的情况下，公司要求一次性扣除1万元，很可能超过了您当月工资的20%，也违反了工资扣除的限制规定。
实际操作角度分析
合同条款的合法性：
- 即使合同中明确约定了未做满3年需扣1万元的条款，该条款也可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。
- 劳动者在签订合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于违约金的约定，确保不违反法律法规。
维权途径：
- 如果公司坚持要求扣除1万元，您可以先与公司协商，指出该条款的违法性，要求公司撤销或修改。
- 如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
示例说明
假设您的月工资为5000元，公司要求一次性扣除1万元作为违约金。这明显超过了您当月工资的20%（即1000元），也违反了工资扣除的限制规定。在这种情况下，公司无权要求扣除1万元，您有权拒绝并寻求法律帮助。
建议：面对公司的不合理要求，您应保持冷静，仔细审查合同条款，了解自己的权益。如果公司坚持违法要求，您可以通过协商、投诉或劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。