结论前置：入职时签订的合同中约定“做不够三个月要扣五百元”的条款，通常是不合理的，也可能违反法律规定。下面我将从法律角度详细分析这一问题。
一、从劳动合同法的角度来看
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者订立劳动合同时，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。劳动合同中的条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害劳动者的合法权益。
违法性分析：
- 约定“做不够三个月要扣五百元”的条款，实际上是对劳动者的一种经济处罚。然而，在劳动合同法中，并没有赋予用人单位对劳动者进行经济处罚的权利。这种约定可能被视为对劳动者权益的侵害，因此可能违反法律规定。
合理性分析：
- 即使从合理性的角度来看，这种约定也显得过于苛刻。劳动者在入职时可能无法准确预测自己能否在三个月内适应工作或满足用人单位的要求。如果因为不可抗力或用人单位的原因导致劳动者无法继续工作，却还要承担经济处罚，这显然是不公平的。
二、从实际操作的角度来看
执行难度：
- 即使合同中有这样的约定，实际执行起来也可能面临困难。劳动者可能会拒绝支付这笔费用，或者通过法律途径来维护自己的权益。在这种情况下，用人单位可能会陷入法律纠纷，增加不必要的成本和风险。
劳动者权益保护：
- 劳动者在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于工资、福利、处罚等方面的规定。如果发现合同中有不合理的条款，应当及时与用人单位协商修改或拒绝签订。同时，劳动者也可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助来维护自己的权益。
三、建议与措施
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于处罚和违约责任的部分。如果发现不合理的条款，应当及时与用人单位沟通并寻求修改。如果无法达成一致，可以考虑拒绝签订该合同或寻求法律援助。
对于用人单位：
- 应当遵守相关法律法规，不得在劳动合同中设置不合理的处罚条款。如果需要约束劳动者的行为，可以通过合理的绩效考核、奖金制度等方式来实现。同时，用人单位也应当加强与劳动者的沟通和协商，共同营造一个和谐、稳定的劳动关系。
总结：入职时签订的合同中约定“做不够三个月要扣五百元”的条款，通常是不合理的，也可能违反法律规定。无论是从法律角度还是实际操作角度来看，这种约定都可能给劳动者和用人单位带来不必要的麻烦和风险。因此，建议双方在签订劳动合同时务必谨慎对待合同条款，确保合同的合法性和合理性。如果你还有其他关于劳动纠纷的问题，可以直接向我咨询。