结论概述：
针对您提出的“没有上传菜品原料没有在期限内改正，但是已经改正，是否会罚款”的问题，这主要取决于具体的法律法规以及相关部门的执法实践。一般来说，如果违法行为在期限内得到了改正，且没有造成严重后果，相关部门可能会根据具体情况决定是否罚款。
详细分析：
法律法规依据：
- 在食品安全、消费者权益保护等相关法律法规中，对于商家未按规定上传菜品原料等信息的行为，通常会设定一定的法律责任，包括罚款等。然而，这些法律法规也往往规定，如果商家在期限内改正了违法行为，且没有造成严重后果，可以依法从轻、减轻或者不予行政处罚。
执法实践考量：
- 相关部门在执法时，会综合考虑违法行为的性质、情节、后果以及商家的改正情况等因素。如果商家已经及时改正了违法行为，且没有造成消费者权益受损等严重后果，相关部门可能会选择不予罚款，而是通过警告、教育等方式进行督促。
- 但另一方面，如果商家虽然改正了违法行为，但之前的行为已经造成了较为严重的后果，或者商家存在多次违法、拒不改正等恶劣情节，相关部门仍然可能会依法进行罚款。
具体建议：
- 如果您已经改正了未上传菜品原料的违法行为，并且没有造成严重后果，建议您主动与相关部门沟通，说明情况，并询问是否需要进一步的处理或确认。
- 同时，您也可以咨询专业的法律机构或律师，了解具体的法律法规和执法实践，以便更好地维护自己的合法权益。
后续行动指南：
- 主动沟通：与相关部门保持联系，及时了解处理进展和结果。
- 保留证据：保留好改正违法行为的证据，如上传菜品原料的记录、相关部门的确认函等，以备不时之需。
- 法律咨询：如有需要，及时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
总结与启示：
商家在经营过程中应严格遵守相关法律法规，及时上传菜品原料等信息，保障消费者的知情权。如果发生违法行为，应及时改正并主动与相关部门沟通，以减少可能的法律风险。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。