劳动合同中排除劳动者权利的条款，并不一定全部违法，但绝大多数情况下是违法的，且会被认定为无效。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律原则与规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条的规定，用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的劳动合同无效或者部分无效。这一规定是保护劳动者权益的重要法律原则，旨在防止用人单位通过合同条款规避其应承担的法律责任，从而损害劳动者的合法权益。
二、具体无效情形
免除法定责任：
- 用人单位在劳动合同中设定条款，试图规避或减轻其根据劳动法应承担的责任，如约定不承担工伤赔偿责任、不提供劳动保护条件等，这些条款均因违反法律规定而无效。
- 例如，用人单位约定“不为劳动者缴纳社会保险，将社保费用以现金形式发放”，这违反了国家强制要求用人单位和劳动者共同缴纳社保的规定，因此该条款无效。
排除劳动者权利：
- 用人单位在劳动合同中限制或剥夺劳动者的合法权益，如规定劳动者无权参加工会、无权提出劳动争议、无权获得加班费等，这些条款同样因违反法律规定而无效。
- 又如，劳动合同中规定“若劳动者离职，未发放的工资一概不予支付”，这排除了劳动者按照工作实际情况获取劳动报酬的权利，也是无效的。
三、例外情况与判断标准
- 例外情况：虽然大多数情况下排除劳动者权利的条款是违法的，但并非所有条款都绝对无效。如果劳动合同中的某些条款虽然对劳动者权利有所限制，但并未违反法律、行政法规的强制性规定，且双方是在平等自愿、协商一致的基础上订立的，那么这些条款可能是有效的。然而，这种情况在实践中较为罕见，且需要严格审查。
- 判断标准：判断劳动合同中的条款是否违法，主要依据是看其是否违反了法律、行政法规的强制性规定，以及是否损害了劳动者的合法权益。如果条款违反了这些规定或损害了劳动者权益，那么该条款就是无效的。
四、法律后果与处理
- 劳动合同无效或部分无效：当劳动合同被认定为无效或部分无效时，并不影响劳动合同其他部分的效力。双方应继续履行劳动合同的有效部分。
- 重新协商与仲裁诉讼：对于无效部分，双方应重新协商，达成新的合意。若无法达成一致，劳动者可以依法向劳动争议仲裁机构申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
- 赔偿责任：如果劳动者因无效条款的存在遭受了损害，例如用人单位以无效的免责条款为由拒绝支付工资、不提供劳动保护等，劳动者有权要求用人单位承担相应的赔偿责任。
五、实际案例与启示
- 案例分析：在竞业限制条款中，如果用人单位与劳动者约定因履行竞业限制条款发生争议申请仲裁和提起诉讼的期间不计入竞业限制期限，这也属于“用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利”的情形，应当认定为无效。例如，在马筱楠诉北京搜狐新动力信息技术有限公司竞业限制纠纷案中，法院就认定了搜狐新动力公司在《不竞争协议》中关于竞业限制期限的类似约定无效。
- 启示：用人单位在制定劳动合同时，应严格遵守法律法规，不得免除自己的法定责任或排除劳动者的权利。否则，将面临劳动合同无效或部分无效的法律后果，并可能因此承担相应的赔偿责任。劳动者也应了解自己的权益，对于劳动合同中的无效条款，要及时提出并与用人单位协商解决，必要时可寻求法律援助。
总结：劳动合同中排除劳动者权利的条款，在绝大多数情况下是违法的且无效。用人单位应严格遵守法律法规，不得通过合同条款规避其应承担的法律责任。劳动者也应了解自己的权益，对于无效条款要及时提出并寻求法律帮助。如果你有具体的劳动合同条款需要审查或咨询相关法律问题，可以直接向我提问。