结论：单日上班迟到就将单日工资全部扣完的做法通常是不合法的，用人单位的这种行为可能违反了劳动法律法规中关于工资支付和扣除的相关规定。下面从不同角度为你详细分析：
从法律规定角度
根据《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
也就是说，即使是因为迟到给用人单位造成了一定损失，用人单位也不能随意将员工单日工资全部扣除。而且一般情况下，单纯的迟到行为很难直接认定给用人单位造成了需要以扣除全部日工资来弥补的经济损失。
从劳动合同和规章制度角度
- 劳动合同约定：如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了迟到扣除工资的具体标准和方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以按照合同约定进行扣除。但即便如此，将单日工资全部扣完的约定也很可能因显失公平而被认定为无效条款。因为这种扣除方式对劳动者来说过于苛刻，不符合公平合理的原则。
- 规章制度规定：用人单位的规章制度中可能会对迟到扣除工资做出规定。然而，规章制度要具有法律效力，必须满足以下几个条件：一是规章制度的内容合法，不得违反法律法规的强制性规定；二是规章制度要经过民主程序制定，即应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定；三是规章制度要进行公示或者告知劳动者，让劳动者知晓规章制度的内容。如果用人单位的规章制度没有满足这些条件，那么其中关于迟到扣除全部日工资的规定对劳动者是不具有约束力的。
应对措施
- 与用人单位协商：你可以先与用人单位的人力资源部门或者相关负责人进行沟通，说明这种扣除工资的方式不合理且可能违反法律规定，要求用人单位按照合法的方式重新核算工资并补发被扣除的部分。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并责令用人单位改正，补发你的工资。
- 申请劳动仲裁：你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。在申请仲裁时，你需要提供相关的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明用人单位存在违法扣除工资的行为。
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