员工3月份仅出勤20天时，工资计算需结合具体情形，通常按以下规则处理：

1. 标准工时制下的计算规则
   根据《工资支付暂行规定》，日工资=月工资标准÷21.75天（月计薪天数），小时工资=日工资÷8小时。若员工正常出勤20天，应发工资=月工资标准×(20÷21.75)。例如月工资8000元时，应发工资约为7356元（8000×20/21.75）。
   需注意：若20天中包含法定节假日（如清明节），法定节假日当天工资需按日工资标准全额支付，不计入缺勤扣减范围。

2. 综合计算工时制下的特殊规则
   若企业经审批实行综合工时制，需先计算该周期内（如季度）总工时是否超标。若未超标，按实际出勤工时×小时工资标准计算；若超标，超出部分按150%支付加班费。例如季度标准工时500小时，员工前两月已工作400小时，3月工作160小时（20天×8小时），则3月工资=160×小时工资，且需对超出部分（400+160-500=60小时）按150%补发加班费。

3. 非全日制用工的差异化处理
   若员工为非全日制用工（每日不超过4小时，每周不超过24小时），工资按实际工作小时数×小时工资标准计算，不受21.75天限制。例如小时工资30元，20天共工作120小时（20×6），应发工资为3600元。

4. 缺勤扣款的合法边界
   企业不得因员工缺勤随意克扣全部工资，仅可扣除缺勤对应部分的工资。若员工因病或非因工负伤缺勤，企业需按《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》支付病假工资（不得低于当地最低工资标准的80%）。例如当地最低工资2200元，病假工资不得低于1760元/月。

实务建议：

• 企业应保留完整的考勤记录作为计算依据，避免因证据缺失引发纠纷；
  
• 工资条中需明确标注“出勤天数”“应发工资”“扣款项目”等关键信息；
  
• 若涉及加班费计算，需区分工作日、休息日、法定节假日的不同支付标准（分别为150%、200%、300%）。
  

如需进一步分析具体案例中的工资结构或地区性规定（如上海、广东等地对病假工资的特殊要求），可提供更多细节后为您详细解答。