结论：公司作废员工干股且没有协议的行为，其合法性需根据具体情况来判断，但通常情况下，这种行为可能存在法律风险，不一定合法。

分析：

1. 干股的性质与约定：

   • 干股，通常指的是员工基于某种约定或奖励而获得的股份，但这种股份可能并不直接对应公司的注册资本或实际出资。干股的授予、行使和作废，往往依赖于双方之间的约定。
   • 若公司未与员工签订任何关于干股的协议，那么公司单方面作废干股的行为就缺乏明确的法律依据。在没有协议的情况下，公司难以证明其作废干股的合理性和合法性。

2. 公司法的相关规定：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司的股份变动（包括增发、回购、转让等）应当遵循法定程序和公司章程的规定。
   • 若公司未经法定程序或未按照公司章程的规定，单方面作废员工的干股，可能构成对员工权益的侵害，违反公司法的相关规定。

3. 劳动合同法的考量：

   • 如果干股的授予与员工的劳动合同或聘用协议相关联，那么公司作废干股的行为还可能涉及劳动合同法的调整范围。
   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则订立和履行劳动合同。公司单方面作废干股，可能违反劳动合同法的相关规定，损害劳动者的合法权益。

4. 可能的法律后果：

   • 若公司作废员工干股的行为被认定为违法，公司可能面临法律责任，包括但不限于赔偿员工因此遭受的损失、恢复员工的干股权益等。
   • 此外，公司的行为还可能影响其声誉和信誉，对公司的长期发展产生不利影响。

建议：

• 对于公司：在作废员工干股之前，应确保与员工签订明确的协议，并遵循法定程序和公司章程的规定。若无法达成协议或存在争议，应寻求法律途径解决，避免单方面作废干股带来的法律风险。
• 对于员工：若公司单方面作废其干股，员工应首先与公司进行沟通协商，了解作废的原因和依据。若协商无果，员工可以寻求法律援助或向相关部门投诉举报，维护自己的合法权益。

进一步思考：

• 在实际操作中，干股的授予和作废往往涉及复杂的法律关系和利益平衡。因此，建议公司在处理此类问题时，务必谨慎行事，遵循法律法规和公司章程的规定。
• 同时，员工也应增强法律意识，了解自己的权益和义务，以便在面临类似情况时能够及时采取措施维护自己的合法权益。

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