倾倒建筑垃圾占用农用地、永久耕地等违法行为，主要由自然资源主管部门（原国土资源部门）负责执法，同时可能涉及生态环境主管部门、农业农村主管部门以及公安机关的协同处理。以下是对此问题的详细分析：

1. 自然资源主管部门：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十五条，违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。对于倾倒建筑垃圾占用农用地、永久耕地的行为，自然资源主管部门有权进行查处，包括责令停止违法行为、限期恢复原状、罚款等。
   • 执法实践：自然资源主管部门在发现此类违法行为后，会进行现场勘查、调查取证，并根据违法情节的严重程度，依法作出相应的行政处罚决定。

2. 生态环境主管部门：

   • 法律依据：虽然《中华人民共和国土地管理法》未直接规定生态环境主管部门的执法权，但倾倒建筑垃圾可能同时构成环境污染行为。根据《中华人民共和国环境保护法》等相关法律法规，生态环境主管部门对环境污染行为具有执法权。
   • 执法实践：如果倾倒建筑垃圾的行为导致了环境污染，生态环境主管部门可以依法进行查处，包括责令停止违法行为、限期治理、罚款等。

3. 农业农村主管部门：

   • 特定情境：在涉及永久基本农田等特定农用地的情况下，农业农村主管部门也可能根据相关法律法规和职责分工，参与执法活动。例如，对于破坏永久基本农田的行为，农业农村主管部门可以配合自然资源主管部门进行查处。

4. 公安机关：

   • 刑事责任：如果倾倒建筑垃圾的行为情节严重，构成犯罪（如非法占用农用地罪、污染环境罪等），公安机关将依法立案侦查，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
   • 执法协作：在查处此类违法行为时，自然资源主管部门、生态环境主管部门等可能与公安机关建立执法协作机制，共同打击违法行为。

建议与提醒：

• 如果您发现了倾倒建筑垃圾占用农用地、永久耕地的违法行为，可以向当地的自然资源主管部门举报，并提供相关证据材料。
• 同时，您也可以关注该行为是否导致了环境污染等其他后果，如有必要，可以向生态环境主管部门反映情况。
• 如果违法情节严重，可能涉及刑事犯罪，您可以及时向公安机关报案。

在处理此类问题时，请务必保持冷静，依法维权。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。