若公司部门被撤掉，员工能否获得赔偿以及赔偿的具体方式，需根据实际情况判断，常见情况如下：
公司合法解除劳动合同的情况
- 如果公司因经营状况发生严重困难、转产、重大技术革新或经营方式调整，经变更劳动合同后仍需裁减部门人员，且符合《劳动合同法》第四十一条规定的程序性要求（如提前三十日向工会或全体职工说明情况、听取意见、报告劳动行政部门等），那么公司解除劳动合同属于合法解除。
- 在此情况下，公司需按照员工的工作年限支付经济补偿金。具体标准为：每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。这里的月工资是指员工在劳动合同解除前十二个月的平均工资，且如果员工月工资高于公司所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
公司违法解除劳动合同的情况
- 如果公司未按照法定程序进行裁员，或者裁员理由不符合法律规定（如以部门撤掉为由，但实际并未出现经营困难等法定情形），那么公司解除劳动合同可能构成违法解除。
- 在此情况下，员工有权要求公司继续履行劳动合同，或者要求公司按照经济补偿标准的二倍支付赔偿金。即如果员工工作年限为n年，公司需支付2n个月的工资作为赔偿金。
公司未解除劳动合同，但调整员工岗位或工作地点的情况
- 如果公司虽然撤掉了部门，但并未解除与员工的劳动合同，而是将员工调整到其他部门或工作地点，那么员工需根据具体情况判断是否接受调整。
- 如果调整具有合理性（如工作地点变更不大、岗位性质相似、工资待遇不变等），且未对员工造成明显不便或损害，员工应当接受调整。如果员工拒绝接受调整，公司可能依据规章制度或劳动合同约定解除劳动合同，且此时可能无需支付经济补偿金。
- 如果调整缺乏合理性（如工作地点变更过远、岗位性质差异过大、工资待遇明显降低等），员工有权拒绝接受调整，并可以要求公司按照原劳动合同条件继续履行。如果公司坚持解除劳动合同，则可能构成违法解除，需支付赔偿金。
建议：
- 在面对部门被撤掉的情况时，员工应首先与公司进行沟通，了解公司的具体安排和意图。
- 如果公司提出解除劳动合同，员工应要求公司出具书面解除通知，并明确解除理由和依据。
- 员工可以收集相关证据（如劳动合同、工资单、部门撤掉的通知等），以备不时之需。
- 如果员工对公司的安排有异议或认为公司存在违法行为，可以及时向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。