结论：领导在面对既不想违反公司制度又不想扣款的情况时，可以通过沟通协商、制度审查与调整、寻求替代性解决方案以及法律合规性审查等角度来寻求妥善处理。

1. 沟通协商：

   • 与员工沟通：领导可以首先与员工进行坦诚的沟通，了解员工对扣款的具体异议和原因。通过沟通，领导可以解释公司制度的目的和必要性，同时倾听员工的意见和需求，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 与上级或人力资源部门沟通：如果领导认为扣款可能过于严厉或存在不合理之处，可以与上级或人力资源部门进行沟通，提出调整扣款方案或寻找其他替代性措施的建议。

2. 制度审查与调整：

   • 审查公司制度：领导可以组织相关部门或人员对公司制度进行审查，特别是与扣款相关的条款，确保其合法性和合理性。如果发现制度存在漏洞或不合理之处，可以及时提出修改建议。
   • 调整扣款方案：在审查制度的基础上，领导可以考虑调整扣款方案，如降低扣款比例、设置扣款上限或提供分期扣款等选项，以减轻员工的经济负担，同时保持制度的威慑力。

3. 寻求替代性解决方案：

   • 提供培训或辅导：如果员工因工作失误或违规行为导致需要扣款，领导可以考虑提供相关的培训或辅导，帮助员工提升工作技能和合规意识，从而避免类似情况再次发生。
   • 实施奖励机制：为了激励员工遵守公司制度，领导可以设立奖励机制，对表现优秀的员工给予物质或精神上的奖励，从而形成正向激励，减少扣款的需求。

4. 法律合规性审查：

   • 确保制度合法：领导在制定或调整公司制度时，必须确保其符合相关法律法规的规定，避免因制度违法而导致法律风险。
   • 咨询法律意见：如果领导对扣款方案的合法性存在疑问，可以咨询专业律师的意见，确保扣款行为在法律框架内进行，避免引发劳动争议或法律纠纷。

后续行动建议：

• 在处理此类问题时，领导应保持冷静和理性，避免情绪化决策。
• 领导应积极与员工、上级和人力资源部门沟通，共同寻求最佳解决方案。
• 如果问题复杂或涉及法律风险，领导应及时咨询专业律师的意见，确保决策合法合规。

可能法律后果：

• 如果领导擅自违反公司制度进行扣款，可能面临公司内部的纪律处分或法律责任。
• 如果扣款行为违反相关法律法规，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，领导及公司可能面临法律制裁和赔偿。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。