异地办公同工不同酬是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若薪酬差异基于非工作相关因素：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十六条，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。这意味着，对于从事相同工作、付出等量劳动且取得相同劳动业绩的员工，应当获得相同的劳动报酬。
- 如果员工因性别、年龄、民族、区域（即异地办公这一因素，若它被用作薪酬差异的依据）等非工作相关因素而遭受不同的薪酬待遇，这显然违反了同工同酬的原则，是不合法的。员工在此情况下有权利向相关部门投诉，并可以依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
若薪酬差异基于合法、合理的因素：
- 工资构成差异：除了基本工资外，工资还可能包括绩效工资、津贴补贴等。因此，即使劳动者从事相同的工作，但由于绩效考核结果不同、职称职级不同、工作地点导致的补贴差异（如异地补贴，但需确保这种补贴不是变相降低基本工资的手段）等因素，工资待遇可能会有所差异。这种差异是合法的，只要它基于客观、公正的标准，并且不是基于非工作相关因素。
- 工作经验和能力不同：即使是从事相同岗位的工作，不同劳动者的工作经验、专业技能和工作能力也可能存在差异。这种差异可能导致员工为单位创造的价值不同，单位基于此给予不同的报酬是合理的。例如，一位具有丰富经验和高级技能的员工可能比一位新手员工获得更高的薪酬。
针对异地办公的特殊情况：
- 异地办公本身并不直接导致同工不同酬的不合法。关键在于薪酬差异的原因是否合法、合理。如果异地办公带来了额外的工作成本或挑战（如更高的生活成本、更长的通勤时间等），单位可以通过合理的补贴或调整薪酬结构来补偿员工，但这不应成为降低基本工资或实行不公平薪酬制度的借口。
员工权益保护与法律途径：
- 如果员工认为自己遭遇了不合理的同工不同酬情况，首先应与单位进行沟通协商，要求单位说明工资差异的具体原因。
- 若协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者根据《劳动法》的相关规定，依法申请劳动仲裁，甚至提起诉讼来维护自己的合法权益。
总结与建议：
- 异地办公同工不同酬的合法性取决于薪酬差异的原因。非工作相关因素导致的薪酬差异是不合法的，而基于合法、合理因素的薪酬差异则是被允许的。
- 员工在面对同工不同酬的问题时，应通过合法途径寻求解决方案，如与单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等。
- 作为员工，了解自己的权益和法律途径是非常重要的。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。