结论：医疗期满员工和单位协商一致辞职，单位是否会配合，这主要取决于双方协商的结果以及单位的具体态度和政策，法律并未强制规定单位必须配合，但单位若拒绝配合可能面临一定的法律风险和声誉损失。以下从多个角度进行分析：
一、法律层面分析
协商一致原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的解除应当遵循协商一致的原则。这意味着，如果员工在医疗期满后提出辞职，并与单位达成一致意见，那么单位应当配合员工办理辞职手续。
单位拒绝配合的法律风险：
- 如果单位在员工提出辞职并协商一致后拒绝配合，员工有权向劳动争议调解仲裁机构或人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求单位履行配合义务。
- 在此情况下，单位可能面临败诉的风险，并需要承担因此产生的法律费用和可能的赔偿。
二、实际操作层面分析
单位态度和政策：
- 单位是否配合员工辞职，往往取决于其内部的管理政策和态度。一些单位可能出于人性化考虑，愿意积极配合员工办理辞职手续；而另一些单位则可能因为各种原因（如担心员工离职后泄露商业秘密、影响团队稳定等）而拒绝配合。
员工与单位的沟通：
- 员工在提出辞职前，可以与单位进行充分的沟通，了解单位的态度和政策，以便更好地制定辞职计划。
- 如果单位表示愿意配合，员工可以按照单位的要求办理辞职手续；如果单位表示拒绝配合，员工可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
三、建议与措施
保留证据：
- 员工在提出辞职并协商一致的过程中，应当保留好相关的证据（如辞职申请、协商记录等），以便在需要时证明自己的权益。
寻求法律援助：
- 如果单位拒绝配合且员工认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的法律权益和可行的维权途径。
考虑单位利益：
- 在协商辞职的过程中，员工也可以适当考虑单位的利益和需求，提出合理的辞职方案和补偿措施，以增加单位配合的可能性。
总结与启示：医疗期满员工和单位协商一致辞职时，单位是否会配合并没有明确的法律规定，但单位若拒绝配合可能面临法律风险和声誉损失。因此，建议员工在提出辞职前与单位进行充分沟通，了解单位的态度和政策，并保留好相关证据。如果单位拒绝配合且员工认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律援助或咨询专业律师来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。