核心结论：员工在医疗期内签署协议或提出辞职，需根据协议内容、辞职意愿及医疗期法律规定综合判断效力与后果，具体分以下情况处理：

1. 医疗期内签署协议的效力

• 若协议涉及放弃法定权益（如医疗期工资、社保等）：
  根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期内员工享有法定待遇（如病假工资、医疗补助等）。若协议中要求员工放弃这些权益，可能因违反法律强制性规定而被认定无效。例如，协议约定“医疗期内不支付工资”或“放弃申请医疗补助费”，员工可主张撤销或部分无效。
• 若协议为协商一致解除劳动合同的补充条款：
  若协议内容合法（如约定离职补偿、离职时间等），且双方自愿签署，通常有效。但需注意：医疗期内用人单位不得以“医疗期满不能工作”为由单方解除合同（除非经劳动能力鉴定委员会确认丧失劳动能力），否则可能构成违法解除。

2. 医疗期内员工主动辞职的效力

• 员工单方提出辞职：
  根据《劳动合同法》第37条，员工提前30日（试用期3日）书面通知用人单位即可解除合同，医疗期内不影响辞职效力。但需注意：
  
  • 若辞职后发现用人单位存在未支付医疗期工资、未缴社保等违法行为，仍可主张权益；
    
  • 若辞职协议中约定“放弃后续主张权利”，可能因显失公平被撤销（尤其员工在医疗期可能处于弱势地位）。
• 用人单位诱导或胁迫辞职：
  若用人单位以“不辞职就不发工资”“不配合办理离职就不报销医疗费”等理由迫使员工辞职，可能构成胁迫，员工可申请撤销辞职行为或主张违法解除赔偿。

3. 实务建议

• 对员工：
  
  1. 签署协议前仔细核对条款，尤其关注是否放弃法定权益（如医疗期工资、医疗补助费）；
     
  2. 保留医疗证明、工资记录等证据，以备后续维权；
     
  3. 若被迫辞职，及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 对用人单位：
  
  1. 医疗期内不得单方解除合同（除法定情形外），否则需支付2N赔偿金；
     
  2. 与员工协商解除时，确保补偿方案合法且员工自愿签署；
     
  3. 避免以不正当手段诱导辞职，否则可能面临行政处罚或民事赔偿。

总结：医疗期内签署协议或辞职的效力需结合具体条款、双方意愿及法律规定判断。若涉及权益受损，建议根据实际情况主张撤销协议、要求补偿或申请劳动仲裁。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。