法院会根据具体情况，判断公司是否存在未依法足额缴纳五险一金的违法行为，并据此作出相应裁决，要求公司补缴或承担相应法律责任。具体处理方式如下：

1. 确认劳动关系及缴费基数
   法院首先会审查双方是否存在劳动关系，这是主张五险一金权益的基础。若劳动关系成立，法院将进一步核查公司是否按照员工实际工资（而非最低工资标准）作为缴费基数。若公司存在少报、漏报缴费基数的行为，即构成违法。

2. 区分行政处理与民事诉讼的边界
   根据《社会保险法》和《住房公积金管理条例》，五险一金的征缴属于行政机关的职权范围。法院通常不会直接处理补缴具体金额的问题，而是会通过判决确认公司存在违法行为，并责令公司向社保/公积金管理部门补缴。若因公司未缴纳导致员工无法享受社保待遇（如医疗报销、养老金损失等），员工可单独提起民事诉讼，要求公司赔偿实际损失。

3. 诉讼时效与举证责任
   需注意，社保纠纷的诉讼时效可能受《劳动争议调解仲裁法》限制（一般为1年），但实践中部分地区对社保补缴请求不适用时效限制。员工需提供劳动合同、工资流水、社保缴费记录等证据，证明公司未依法缴纳。若公司主张已足额缴纳，需承担举证责任。

4. 可能的判决结果

   • 若法院认定公司违法，会出具判决书明确公司需补缴的期间和基数，并可能要求公司支付滞纳金（社保部分每日万分之五，公积金部分按各地规定）。
     
   • 若员工主张赔偿损失（如未缴纳医保导致自费医疗费用），法院会根据实际损失、过错程度等因素判决赔偿金额。
     
   • 若公司拒不执行判决，员工可申请法院强制执行，包括查封、扣押公司财产等措施。

建议行动步骤：

1. 收集劳动合同、工资条、银行流水、社保缴费记录等证据；
   
2. 向当地社保局和住房公积金管理中心投诉，要求行政处理（此步骤可与诉讼并行）；
   
3. 委托律师起草起诉状，明确诉讼请求（如补缴社保、赔偿损失等）；
   
4. 关注诉讼时效，尽早启动法律程序。
   

若有进一步细节需要分析（如具体地区、补缴金额争议等），可随时向我补充说明，我会结合实务经验为您详细解答。