结论：下游企业能否起诉上游企业，需分情况讨论，关键在于上游企业红冲发票的行为是否构成违约或侵权，以及下游企业能否证明自身因此遭受了实际损失。以下从不同角度展开分析：

1. 合同法律关系角度

• 若存在书面合同：若上下游企业之间签订了书面合同，且合同中明确约定了发票开具、抵扣及违约责任等条款，上游企业未经下游企业同意擅自红冲发票，可能构成违约。下游企业可依据《民法典》第五百七十七条（当事人一方不履行合同义务或履行合同义务不符合约定的，应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任）起诉上游企业，要求其赔偿因无法抵扣所得税而产生的实际损失（如多缴纳的税款、滞纳金等）。
• 若无书面合同：若双方未签订书面合同，但存在事实上的交易关系（如送货单、对账单等证据），下游企业仍可主张上游企业违反了交易习惯或诚信原则，要求其承担赔偿责任。但此时需提供充分证据证明交易关系及损失金额，难度较大。

2. 税收法律关系角度

• 红冲发票的合法性：根据《增值税发票管理办法》及相关规定，发票红冲需满足特定条件（如销售退回、开票有误等），且需经税务机关审核或备案。若上游企业红冲发票的理由不成立或程序不合法，税务机关可能对其处罚，但下游企业能否直接起诉需结合合同关系判断。
• 下游企业损失的直接性：若上游企业红冲发票导致下游企业无法抵扣进项税，进而多缴纳所得税，下游企业需证明该损失与上游企业行为存在直接因果关系。例如，若下游企业已将该发票用于申报抵扣，后因红冲被税务机关要求补税，则损失明确；若下游企业尚未抵扣，则可能难以主张损失。

3. 侵权法律关系角度

• 若上游企业存在故意或重大过失：如上游企业为逃避税务责任、恶意红冲发票，导致下游企业遭受经济损失，可能构成侵权。下游企业可依据《民法典》第一千一百六十五条（行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应承担侵权责任）起诉，要求赔偿损失。
• 损失范围的界定：侵权赔偿范围限于实际损失，包括直接损失（如多缴纳的税款）和间接损失（如因资金占用产生的利息等）。下游企业需提供完税证明、税务机关处罚决定等证据证明损失金额。

4. 实务建议

• 收集证据：下游企业应立即固定交易合同、发票、送货单、对账单、税务申报记录等证据，证明交易关系及损失金额。
• 协商或投诉：先与上游企业协商解决，或向税务机关投诉（如上游企业红冲发票违法），通过行政途径施压。
• 起诉条件：若协商无果，且证据充分，可向法院起诉。起诉时需明确诉讼请求（如赔偿损失、继续履行合同等），并选择有管辖权的法院。

总结：下游企业能否起诉取决于上游企业红冲发票的行为是否违法或违约，以及下游企业能否证明损失。建议先通过协商或投诉解决，若无效则及时委托律师分析证据、制定诉讼策略。如有进一步问题，可直接向我咨询。