当上游企业被认定为虚开增值税发票时，下游企业需要根据具体情况采取相应的处理措施。以下是对这一问题的详细解答：
一、善意取得情况的处理
若下游企业属于善意取得虚开发票，即购货方和销售方之间存在真实交易，并且购货方并不知晓所取得的发票为虚开，那么：
不以偷税或骗取出口退税论处：在这种情况下，下游企业不会被视为偷税或骗取出口退税的行为主体。
进项税款不予抵扣，出口退税不予办理：尽管交易是真实的，但由于发票的虚开性质，下游企业已抵扣的进项税款需要依法进行追缴，同时出口退税也将不予办理。
积极配合调查：下游企业应积极配合税务机关的调查，提供相关证据材料以证明自身实际情况，如购销合同、物流单据、付款凭证等，以证明与上游企业存在真实交易且不知发票虚开。
二、恶意取得情况的处理
若下游企业恶意取得虚开发票，例如与上游相互勾结，或者明知发票是虚开的却仍然接受，那么：
追缴税款和滞纳金：税务机关会追缴其少缴或未缴的税款和滞纳金。
处以罚款：同时，税务机关会处以少缴或未缴税款50%以上5倍以下的罚款。
追究刑事责任：如果构成犯罪，将依法追究刑事责任，可能涉及虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪等。
积极配合调查并提供证据：下游企业应积极配合税务机关的调查，及时提供相关证据材料以证明自身实际情况，但在此情况下，证据可能难以改变其恶意取得的性质。
三、下游企业的应对策略与建议
异议前置，争取协查撤回：在收到《已证实虚开通知单》后，下游企业应在规定时间内（如30日内）提交相关证据材料，证明与上游企业存在真实交易，以争取协查撤回。
定性抗辩，争取“善意取得”：若下游企业认为自己属于善意取得，应同时满足真实交易、发票信息一致、不知晓虚开、合法来源等核心要件，并提供相应证据进行抗辩。
跨区域诉讼，挑战源头定性：若下游企业认为上游税务机关的处理决定对其权益产生了直接影响，且满足提起跨区域诉讼的条件（如直接关联性、权益侵害性、程序必要性），则可在规定时效内（如6个月内）提起诉讼。
构建三级风控体系：为防范类似风险，下游企业应建立供应商“四查”机制（查税务登记状态、发票领购量、纳税信用等级、历史虚开记录），并在每笔交易中留存“三流一致”证据（合同+物流+资金，特殊行业需补充技术服务记录）。
总之，当上游企业被认定为虚开增值税发票时，下游企业需要根据自身情况采取相应的处理措施，并积极配合税务机关的调查。同时，下游企业也应加强内部管理，建立完善的风控体系，以防范类似风险的发生。