在虚开发票案件中，若上游企业已经判刑，下游企业一般由税务机关或公安机关进行调查。以下是对此问题的详细分析：
一、调查主体
税务机关：
- 税务机关是负责税收征管和发票管理的法定机构。在虚开发票案件中，税务机关有权对涉嫌虚开发票的企业进行税务稽查，包括调查企业的账簿、记账凭证、报表等有关资料，以及询问与发票开具相关的人员。
- 如果税务机关在稽查过程中发现下游企业存在虚开发票的嫌疑，会进一步深入调查，并根据调查结果采取相应的税务处理措施，如补缴税款、加收滞纳金、罚款等。
公安机关：
- 在虚开发票案件中，如果涉嫌犯罪，如虚开增值税专用发票罪等，公安机关会依法介入调查。公安机关有权对犯罪嫌疑人进行讯问、搜查、扣押等侦查措施，以收集犯罪证据。
- 如果上游企业已经判刑，且案件涉及下游企业，公安机关可能会根据案件需要，对下游企业进行调查，以查明其是否参与虚开发票活动或是否从中获利。
二、调查流程
税务机关调查流程：
- 税务机关在接到举报或发现涉嫌虚开发票的线索后，会启动税务稽查程序。
- 稽查人员会前往下游企业进行实地调查，查阅相关账簿、凭证等资料，询问相关人员。
- 根据调查结果，税务机关会作出相应的税务处理决定，如补缴税款、罚款等。如果涉嫌犯罪，税务机关会将案件移送公安机关处理。
公安机关调查流程：
- 公安机关在接到税务机关移送的案件或自行发现涉嫌虚开发票的犯罪线索后，会立案侦查。
- 侦查人员会依法对犯罪嫌疑人进行讯问、搜查、扣押等侦查措施，以收集犯罪证据。
- 如果证据充分，公安机关会将案件移送检察机关审查起诉。检察机关审查后，如果认为犯罪事实清楚、证据确实充分，会向法院提起公诉。
三、下游企业的应对建议
积极配合调查：
- 如果下游企业接到税务机关或公安机关的调查通知，应积极配合调查工作，如实提供相关资料和情况说明。
- 避免隐瞒、谎报或拒绝提供相关资料，否则可能面临更严重的法律后果。
寻求法律帮助：
- 如果下游企业对调查程序或法律后果存在疑问，可以寻求专业律师的法律帮助。律师可以为企业提供法律咨询、代理申诉或辩护等服务，帮助企业维护合法权益。
加强内部管理：
- 下游企业应加强内部管理，完善发票管理制度和流程，确保发票的开具、取得和保管符合法律法规要求。
- 定期对发票进行自查自纠，及时发现并纠正存在的问题，降低虚开发票的风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。