结论：不合法。用人单位应当按照劳动者实际工资水平申报和缴纳社保，若工资为5000元却按9000元缴纳社保，属于违法行为，可能面临行政处罚及劳动者维权风险。以下从法律、实务、风险三个角度展开说明：

1. 法律层面：社保缴费基数应与工资挂钩

根据《社会保险法》及《社会保险费征缴暂行条例》，社保缴费基数以劳动者上年度月平均工资为准（新入职员工按首月工资确定）。具体规则如下：

• 缴费基数下限：不得低于当地社平工资的60%（如当地社平工资为8000元，则下限为4800元）；
• 缴费基数上限：不得高于当地社平工资的300%（如当地社平工资为8000元，则上限为24000元）；
• 实际工资在上下限范围内：缴费基数应与实际工资一致。

本案中：若劳动者月工资为5000元，且5000元在当地社平工资的60%-300%范围内，则用人单位必须按5000元申报社保。按9000元缴纳属于虚报缴费基数，违反法律规定。

2. 实务层面：用人单位可能存在的动机与风险

• 动机分析：
  • 降低企业负担：社保费用由用人单位和劳动者共同承担（如养老保险单位缴16%、个人缴8%）。按更高基数缴纳会直接增加企业支出；
  • 规避法律责任：部分企业试图通过虚报基数掩盖“未足额缴纳社保”的违法行为。
• 法律风险：
  • 行政处罚：社保部门可责令补缴差额，并加收滞纳金（每日万分之五）；情节严重的，可对单位处以欠缴数额1-3倍罚款（《社会保险法》第86条）；
  • 劳动者维权：劳动者可向社保部门投诉，要求单位补缴差额，并可能通过劳动仲裁主张经济补偿（如因单位违法行为被迫离职）；
  • 信用惩戒：用人单位可能被列入社保“黑名单”，影响招投标、政府补贴等资格。

3. 劳动者应对建议

• 核实缴费基数：通过社保官网、APP或线下窗口查询个人社保缴费记录，确认缴费基数是否与实际工资一致；
• 保留证据：保存工资条、劳动合同、银行流水等证明实际工资的材料；
• 维权途径：
  1. 与用人单位协商，要求按实际工资调整缴费基数；
  2. 向当地社保部门投诉（拨打12333或通过社保官网举报）；
  3. 申请劳动仲裁，主张补缴社保差额及经济补偿（如符合《劳动合同法》第38条、第46条情形）。

总结：社保缴费基数必须与劳动者实际工资挂钩，虚报基数既损害劳动者权益，也使企业面临法律风险。若您遇到此类问题，可直接向我咨询具体维权步骤及证据收集方法。