结论：汽车出租公司商业险保额设定为20万元是否合法，需结合具体险种、地区规定及合同条款综合判断，不能一概而论。
以下从不同角度展开分析：
险种类型决定合法性基础
商业险包含多种类型（如第三者责任险、车损险、车上人员责任险等），不同险种的保额合法性标准不同。例如：
- 第三者责任险：保额通常由投保人根据风险需求自主选择，法律未强制规定最低限额，但部分地区可能通过地方性法规或行业规范建议最低保额（如部分城市建议出租车第三者责任险不低于100万元）。若当地无强制要求，20万元保额本身不违法，但可能因保额过低导致赔偿不足，引发纠纷。
- 车损险：保额一般按车辆实际价值确定，若20万元与车辆市场价值相符，则合法；若明显低于实际价值（如车辆价值50万元但仅投保20万元），可能涉及“不足额投保”，在理赔时按比例赔付，但法律不禁止此类操作。
地区性规定可能影响合法性
部分地区对营运车辆商业险有特殊要求。例如：
- 某些城市要求出租车必须投保特定额度的商业险（如第三者责任险不低于100万元），否则可能无法通过年检或获得营运资质。若当地有此类规定，20万元保额可能不合法。
- 若当地无强制要求，则保额由公司自主决定，20万元合法但需评估风险覆盖能力。
合同条款的约束力
若汽车出租公司与保险公司签订的保险合同中明确约定保额为20万元，且该条款不违反法律强制性规定（如未低于当地最低保额要求），则合同有效，20万元保额合法。但需注意：
- 合同中是否存在“免责条款”或“比例赔付条款”，可能影响实际赔偿金额；
- 若公司未如实告知车辆使用性质（如将营运车辆按非营运车辆投保），可能导致保险公司拒赔，此时保额合法性虽无问题，但合同效力可能受影响。
建议：
- 若您是汽车出租公司经营者，需先确认当地对营运车辆商业险是否有保额要求；若无要求，可根据车辆价值、运营风险等因素自主选择保额，但建议保额足够覆盖常见事故赔偿（如第三者人身伤亡、车辆维修等）。
- 若您是乘客或第三方因事故受损，可要求出租公司出示保险合同，确认保额是否足够赔偿；若不足，可同时向公司及驾驶员主张赔偿。
如有具体地区或险种细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。