结论：农村自建房购房合同中，若涉及非本地人且房产证上有两个人名字产生纠纷，能否起诉合同无效并判决退款，需根据具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度进行详细阐述：

一、合同无效的法定情形

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效的情形主要包括：

1. 无民事行为能力人实施的民事法律行为无效：如果购房合同的一方是无民事行为能力人（如未成年人或精神病人），则该合同无效。
2. 行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效：如果双方签订购房合同并非真实意思表示，而是出于某种虚假目的，如逃避税收、规避法律等，则合同无效。
3. 违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效：如果购房合同违反了法律、行政法规的强制性规定，如农村自建房不得向非本集体经济组织成员出售等，则合同可能无效。但需注意，并非所有违反法律、行政法规强制性规定的合同都无效，只有违反效力性强制性规定的合同才无效。
4. 违背公序良俗的民事法律行为无效：如果购房合同的内容或目的违背了公序良俗，如涉及赌博、色情等非法活动，则合同无效。
5. 行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效：如果双方签订购房合同是出于恶意串通，损害第三人（如其他集体经济组织成员）的合法权益，则合同无效。

二、农村自建房购房合同的特殊性

农村自建房通常属于小产权房，其产权归属和交易受到特定法律和政策的限制。一般来说，农村自建房只能在本集体经济组织成员之间流转，非本集体经济组织成员购买农村自建房可能面临法律风险。如果购房合同违反了这一规定，且该规定属于效力性强制性规定，则合同可能无效。

三、房产证上有两个人名字的影响

如果房产证上有两个人名字，这通常意味着该房产为共有财产。在购房合同纠纷中，共有人之间的权益分配和责任承担可能成为争议焦点。如果合同无效，退款问题可能涉及共有人之间的协商和分配。

四、具体建议

1. 审查合同内容：首先，需要仔细审查购房合同的内容，确定是否存在上述合同无效的情形。
2. 咨询专业意见：由于农村自建房购房合同涉及复杂的法律和政策问题，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
3. 协商解决：在可能的情况下，尝试与对方协商解决纠纷，以避免不必要的法律诉讼和成本。
4. 提起诉讼：如果协商无果，且认为合同确实无效，可以向法院提起诉讼，请求判决合同无效并退款。但需注意，提起诉讼前应充分准备证据和法律依据。

举例说明：假设甲（非本地人）与乙（本地人）签订了一份农村自建房购房合同，且房产证上登记了甲和乙两个人的名字。后来，甲发现该合同违反了农村自建房不得向非本集体经济组织成员出售的规定，且该规定属于效力性强制性规定。在此情况下，甲可以咨询专业律师，确认合同无效后，向法院提起诉讼，请求判决合同无效并要求乙退款。但退款的具体金额和方式可能需要根据共有人之间的协商和法院的判决来确定。

后续行动建议：如果您面临类似纠纷，建议首先收集相关证据（如购房合同、付款凭证、房产证等），然后咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有需要，我可以为您提供进一步的法律咨询和帮助。