结论：私人诊所周末请假一天扣两天工资的做法，一般是不合理的，但具体是否合理还需结合诊所的规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了请假制度，包括请假天数与工资扣除的对应关系，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么诊所按照合同约定执行是合法的。但通常情况下，劳动合同中不太可能明确约定“请假一天扣两天工资”这样的条款，因为这显然对劳动者不利。
规章制度内容：
- 诊所的规章制度如果经过民主程序制定，且已向劳动者公示或告知，那么规章制度中的相关规定对劳动者具有约束力。然而，规章制度中关于“请假一天扣两天工资”的规定，很可能因显失公平或违反法律法规而无效。
二、从法律法规的角度
《劳动法》相关规定：
- 根据《劳动法》的相关规定，劳动者享有休息休假的权利，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。同时，劳动者因私事请假，用人单位有权根据规章制度扣除相应工资，但扣除的工资数额应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- “请假一天扣两天工资”的做法，很可能违反了《劳动法》中关于工资支付的规定，即用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
工资扣除的合理性：
- 工资扣除应当与劳动者的请假行为直接相关，且扣除的数额应当合理。一般来说，请假一天扣除一天的工资是合理的，但扣除两天的工资则可能缺乏合理性依据。
三、从实际操作和公平性的角度
实际操作：
- 在实际操作中，如果诊所坚持执行“请假一天扣两天工资”的规定，劳动者可以与诊所进行协商，要求诊所提供合理的解释和依据。如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
公平性：
- 从公平性的角度来看，“请假一天扣两天工资”的做法显然对劳动者不利。劳动者因私事请假已经承担了相应的责任（如无法获得当天的工资），如果再额外扣除一天的工资，则显然不公平。
四、建议
审查劳动合同和规章制度：
- 劳动者应当仔细审查自己的劳动合同和诊所的规章制度，了解其中关于请假和工资扣除的规定。
与诊所协商：
- 如果认为诊所的规定不合理或违法，劳动者可以与诊所进行协商，要求诊所修改相关规定或提供合理的解释和依据。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结：私人诊所周末请假一天扣两天工资的做法，在大多数情况下是不合理的。劳动者应当仔细审查自己的劳动合同和诊所的规章制度，了解其中关于请假和工资扣除的规定，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。