结论是：县级医院扣发医院部分工资是否违法，需根据具体情况判断，包括扣发原因、依据以及是否符合法律法规和劳动合同的约定等。以下从多个角度进行分析：
一、扣发工资的合法性依据
法律法规层面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。任何克扣或者无故拖欠劳动者工资的行为都是违法的。
- 如果县级医院扣发工资是因为劳动者违反了医院规章制度、劳动合同约定或者法律法规，且这种扣发有明确的依据和合理的理由，那么这种扣发可能是合法的。但即便如此，扣发的金额和方式也必须符合法律法规的规定，不能随意扣发。
劳动合同层面：
- 劳动合同是劳动者和用人单位之间约定劳动权利和义务的重要法律文件。如果劳动合同中明确规定了扣发工资的情形和条件，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么县级医院在符合这些规定的情况下扣发工资可能是合法的。
二、扣发工资的非法情形
无故扣发：
- 如果县级医院没有合理的理由和依据，无故扣发劳动者的工资，那么这种行为是违法的。劳动者有权要求医院支付被扣发的工资，并可以依法向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
扣发金额超过法定标准：
- 即使县级医院有扣发工资的理由和依据，但如果扣发的金额超过了法律法规规定的标准，那么这种扣发也是违法的。例如，根据相关规定，用人单位因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、建议与措施
核实扣发原因和依据：
- 如果劳动者发现自己的工资被扣发，首先应当核实扣发的原因和依据。可以要求医院提供相关的规章制度、劳动合同条款或者法律法规依据，以便判断扣发是否合法。
与医院协商解决：
- 如果劳动者认为扣发工资不合法或者扣发金额不合理，可以与医院进行协商解决。在协商过程中，劳动者可以提出自己的诉求和理由，要求医院支付被扣发的工资或者调整扣发金额。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，劳动者可以依法向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，寻求法律援助。在投诉或仲裁过程中，劳动者需要提供相关的证据材料，如工资条、劳动合同、规章制度等，以便证明自己的诉求和理由。
最后需要强调的是，每个劳动纠纷案件都有其独特的事实和法律背景，因此具体的法律适用和解决方案可能因案件而异。如果你面临类似的问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。