克扣乡村医生的值班工资是违法的。

首先，从法律层面来看，乡村医生的工资及福利待遇应受到法律的保护。任何单位或个人无故克扣、拖欠乡村医生的工资，都是对劳动者合法权益的侵害，违反了相关法律法规。

其次，从实际案例来看，中纪委曾曝光某乡镇卫生院克扣村医经费的典型案例，并对此进行了严肃处理。这表明，克扣乡村医生工资的行为不仅违法，还会受到相关部门的严厉查处。

最后，从政策层面来看，国家多部门联合发文，明确要求公共卫生经费直达基层，严禁克扣村医。这一政策旨在保障基层医生的合法权益，确保他们能够获得应有的报酬。

综上所述，克扣乡村医生的值班工资是违法的，不仅违反了法律法规，也违背了政策要求。如果乡村医生遇到此类问题，应勇敢站出来维权，可以通过相关平台进行举报投诉，以维护自己的合法权益。同时，也建议相关部门加强监管，确保乡村医生的工资及福利待遇得到切实保障。