结论：企业微信申请离职后，是否还需要填写离职单，取决于公司的具体规章制度和离职流程要求，不能一概而论。以下分情况详细说明：

1. 公司规章制度明确要求：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了离职流程，包括必须填写离职单这一环节，那么员工即使已经通过企业微信提交了离职申请，也仍然需要按照公司要求填写离职单。这是因为离职单往往承载着公司对员工离职手续的具体要求和确认功能，如工作交接情况、物品归还情况、薪资结算情况等，是公司管理离职流程的重要一环。

2. 公司规章制度未明确要求或流程灵活：

   • 如果公司的规章制度中没有明确规定离职必须填写离职单，或者公司提供了灵活的离职流程，允许员工通过企业微信等电子方式完成离职申请和审批，那么员工可能就不需要再额外填写离职单。但这种情况下，员工仍需确保通过企业微信或其他指定方式完成了所有必要的离职手续，如工作交接、物品归还等，并保留好相关证据，以防未来出现纠纷。

3. 特殊情况下的处理：

   • 在某些特殊情况下，如员工因紧急情况需要立即离职，或者公司因业务调整需要快速处理员工离职等，公司可能会根据实际情况对离职流程进行适当调整。这种情况下，是否需要填写离职单可能需要根据公司的具体安排来确定。

建议：

• 作为员工，在离职前最好先了解清楚公司的离职流程和规章制度，明确是否需要填写离职单以及其他离职手续的具体要求。
• 如果公司要求填写离职单，员工应认真填写并确保所有信息准确无误，同时保留好离职单的复印件或电子版作为备份。
• 如果在离职过程中遇到任何问题或纠纷，如公司拒绝支付薪资、未办理社保转移等，员工可以及时向公司人力资源部门或相关领导反映情况，并寻求解决方案。如果问题无法得到妥善解决，员工还可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。